Многие корабли получили тяжелые повреждения от артиллерийско-минометного огня и имели потери в личном составе, а некоторые потоплены вражеским огнем или затонули в результате шторма. Так, крейсер «Красный Кавказ», высадивший десантников и артиллерию прямо на мол Феодосийского порта, получил тяжелые повреждения от огня противника и с трудом дошел до Новороссийска. В экипаже погибло 23 человека, 5 умерли от ран и 76 было ранено. В Феодосийском порту были потоплены охотники СКА № 068, СКА № 095, СКА № 056. Повреждены все остальные корабли отряда «А» – эсминцы «Шаумян», «Незаможник», тральщик БТЩ № 404 «Щит» (4 убитых и 11 раненых), охотники СКА № 013, СКА № 052, СКА № 061, СКА № 0131, а также транспорты «Кубань» (3113 брт) (на нем убиты капитан и 32 десантника, 30 десантников ранено), «Г. Димитров» (2484 брт). Потоплены транспорты «Ташкент» (5552 брт) (убито 18 и ранено 12 человек из 79 человек команды) и «Красногвардеец» (2719 брт). При высадке десантов на Азовском море также были большие потери. Под огнем противника погибли транспорты «Пенай» (548 брт) у мыса Ахеллион, на нем погибли 3 человека команды и 110 десантников, «Ейск» (267 брт) (погибли 7 человек команды и 255 десантников), буксир «Фанагория» (99 брт) (100 погибших), землесос «Ворошилов» (450 погибших), баржи «Хопер», «Ока» (1 убитый, 2 раненых), «Таганрог» (1 убитый) и другие корабли и катера.
