Впоследствии Авлаки утверждал, что тогда поехал в Афганистан вести джихад. Однако нет доказательств, что в середине 1990-х годов он был радикалом. Но и в то время связи Авлаки были необычны и необъяснимы. В 1999 году ФБР установило их, но расследовало связи Авлаки с одним из людей в окружении Омара Абдула Рахмана, так называемого «Слепого Шейха», осужденного за теракт 1993 года во Всемирном торговом центре.