Термин «рекомбинантная ДНК» немного неудачен, поскольку возникает путаница с «рекомбинацией», которую мы уже обсуждали в контексте классической генетики. В менделевской генетике рекомбинация связана с разделением и пересборкой хромосом, в результате чего все фрагменты хромосом «заново смешиваются». В молекулярной версии такое «смешивание» происходит в гораздо более мелком масштабе: два участка ДНК объединяются в одну составную молекулу.