22 июня немецко-фашистские войска вторглись на территорию СССР. 24 июня был создан Совет по эвакуации. Через 2 дня вышел Указ «О режиме рабочего времени рабочих и служащих в военное время», вводивший оплачиваемые сверхурочные работы и отменявший отпуска. В Москве начало формироваться народное ополчение. За распространение «заведомо ложных слухов», т. е. за любые разговоры о возможном поражении в этой войне, ввели уголовную ответственность.

В ночь на 22 июля, ровно через месяц после начала войны, немецкие самолеты начали бомбить Москву. В первый же налет было разрушено 37 зданий, повреждены водопровод, газопровод и электрически сети. Пострадали почти 800 человек, из них 130 погибли.

Из-за бомбежки возникли пожары — более тысячи возгораний и в жилых домах, и на промышленных объектах: на товарной станции Белорусского вокзала; на ликеро-водочном заводе на Самокатной улице; на рынке на Тишинской площади; на Волочаевской улице, на Ленинградском шоссе в поселке Сокол; на Грузинском валу… Фугасные бомбы были сброшены даже на Кремль! Газета «Красная Звезда» описывала «полчища гитлеровских асов», из которых в столицу прорвались лишь отдельные самолеты.

На следующий день налеты повторились с еще более страшной силой. Люди гибли не только от самих бомб. Налеты начинались неожиданно, сирены воздушной тревоги еще не работали. Люди в панике бежали к укрытиям — и давили друг друга. Так, на лестнице станции «Арбатская» при падении были задавлены 46 человек. Затем прямым попаданием на перегоне «Смоленская» — «Арбатская» было пробито перекрытие тоннеля. Одновременно была разрушена магистраль городского водопровода, и вода хлынула в образовавшуюся воронку. Погибли еще 14 человек.

Страшная ситуация создалась и на станции «Белорусская», где точно так же от поврежденного водопровода вода затопила площадь и вестибюль, проникла в машинный зал эскалаторов. Лишь общими усилиями всех работников воду удалось направить под железнодорожный путепровод. Жертв не было.

С этого дня на долгие месяцы московское метро превратилось в огромное бомбоубежище. В недостроенных тоннелях и на действующих станциях установили деревянные настилы и двухъярусные нары, оборудовали буфеты, места для хранения вещей. Обслуживали укрывающихся в метро людей метростроевцы. При этом пассажирские перевозки не прекращались, но поезда ходили только до 19.00.

8 августа 1941 года товарищ Сталин был назначен на пост Верховного Главнокомандующего. Немцы уже были совсем близко к столице. Войска Западного, Резервного, Брянского и Калининского фронтов с огромным трудом сдерживали их продвижение.

7 октября армии Конева и Буденного понесли тяжелое поражение, более шестисот тысяч человек попали в плен. Путь к Москве был открыт.

Город объявили на осадном положении. Из столицы спешно эвакуировалась учреждения и промышленные объекты; народные комиссариаты уезжали, оставляя лишь небольшие оперативные группы управления. 15 октября казалось, что Москву уже не спасти. Государственный комитет обороны принял решение о взрыве всех основных предприятий города, в число которых входило и метро. Распоряжение о демонтаже оборудования и минировании подземных объектов подписал Лазарь Каганович, десять лет назад сделавший доклад о начале его строительства. Следующий день — 16 октября — метро не работало.

— написал о том страшном дне Наум Коржавин.

Это были страшные дни в жизни города, Москву захлестнула паника, люди бежали из города на восток, бросая квартиры, вещи… Увозили лишь самое необходимое. Склады были открыты, и все мало-мальски ценное раздавалось жителям: уж лучше своим, чем врагу.

Сталин некоторое время колебался. Его «Ближняя дача» была полностью подготовлена к взрыву, на центральном аэродроме вождя ждали самолеты, а за Рогожской заставой — поезд. Существует легенда, что бывший семинарист в тот день даже посетил блаженную Матрону Московскую, спрашивая совета — как быть? — но никаких документальных подтверждений этому нет. Однако после дня колебаний Сталин отказался от бегства и решил остаться в столице. Приказ о взрыве и затоплении метро был отменен, разобранное оборудование было приказано в срочном порядке смонтировать обратно. А разобрали много: метро продолжало работать на половинных мощностях до середины 1942 года, одновременно обеспечивая укрытие сотням тысяч москвичей. Многие работники метро были переведены на казарменное положение. Начались работы по оборудованию станций и тоннелей дополнительными системами газозащиты (опасались отравляющих бомб) и водоснабжения (нужны были дополнительные туалеты и водопровод). Эти задачи так и не были выполнены полностью.

При авианалете движение поездов останавливалось, а напряжение на контактном рельсе снималось. Использовали каждый метр свободного места: люди сидели не только на перронах, но и в самих тоннелях. В стоящие вдоль станции составы пускали женщин с маленькими детьми. На станциях дежурили милиционеры, пресекая любые беспорядки или панику.

Особое внимание уделяли охране территории у вентиляционных сооружений на поверхности, не допуская пожаров. Ведь тогда от дыма могли задохнуться все, кто прятался внизу.

Только 21 сентября, спустя два месяца после начала войны и бомбардировок, Моссовет издал постановление («Документ № 49») о правилах использования Московского метрополитена как бомбоубежища. Согласно этому документу, вниз не пускали пьяных и больных заразными болезнями (во избежание эпидемий), не разрешали проносить чемоданы, но можно было иметь матрас и подушку. На станциях оборудовали медпункты, раздачу питьевой воды, уборку проводили раз в десять дней.