Фонд компенсаций, за счет которого финансировались расходы, установленные федеральным законодательством, и переданные региональным бюджетам; Фонд регионального развития для поддержки регионов с наиболее высоким уровнем дефицита бюджетов и Фонд развития региональных финансов, в рамках которого реализовывались программы, финансировавшиеся за счет средств международных финансовых организаций. В 2002 г. к ним добавился еще Фонд софинансирования социальных расходов, за счет которого частично возмещались расходы региональных и местных бюджетов, связанные с повышением минимального размера оплаты труда в бюджетной сфере (1-й разряд ЕТС) и с предоставлением субсидий населению по оплате жилья и коммунальных услуг.
