В 2000 году доктор Бетти Корбер, работавшая в Лос-Аламосской национальной лаборатории, разработала сложный метод компьютерного расчета точной даты появления последнего общего предка ВИЧ-1 М (Korber et al., 2000). Это гипотетический вирус с генетическим набором, который позволил ему в нужное время и в нужном месте перескочить от P. t. troglodytes к человеку и стать источником пандемии СПИДа. Несколько более ранних попыток вычисления даты дали весьма недавнее время. Самая ранняя проба крови, содержавшая ВИЧ-1, была взята в 1959 году у одного больного в Леопольдвиле в Бельгийском Конго (ныне Киншаса в Демократической Республике Конго). Следовательно, общий предшественник появился раньше этой даты. Анализ положения нуклеотидных последовательностей на филогенетическом дереве всех известных штаммов ВИЧ-1 из группы М позволяет предполагать, что ВИЧ-1 появился за несколько десятилетий, до этой даты. В своем анализе Корбер использовала 159 последовательностей гена env из проб, взятых в течение нескольких десятилетий для оценки скорости изменений нуклеотидных последовательностей с течением времени. В результате было определено предположительное время появления единственного предшественника вирусов группы М – между 1915 и 1941 годом. Этот вывод вызывает некоторое удивление, поскольку эпидемия в США стала явной только после 1981 года. Понятно, что ВИЧ-1 М в течение какого-то времени до начала пандемии циркулировал среди населений западной части Центральной Африки. Более свежие исследования сдвинули дату появления предшественника на еще более ранний период. Используя высокочувствительные методы, ученые извлекли вирусные геномы из биопсий лимфатических узлов, хранившихся в течение многих десятилетий в парафине в патологоанатомических архивах госпиталей Киншасы. Эта работа показала, что в 1960 году ВИЧ-1 уже существовал в Киншасе в виде разнообразной вирусной популяции. Включение выявленных нуклеотидных последовательностей в филогенетический анализ штаммов ВИЧ-1 отодвинуло срок появления общего предшественника ВИЧ-1 на период между 1884 и 1924 годом, то есть приблизительно на 1908 год (Worobey et al., 2008). В какой-то момент, после 1884 года, африканский охотник, разделывая тушу убитого животного, заразился вирусом, посеявшим пандемию. Это не было единичным событием; документально подтверждены по меньшей мере четыре межвидовые передачи ВИО – передачи, породившие группы М, N, P и О ВИЧ-1. Возможно, что случаи такого инфицирования отнюдь не были редкостью и почти всегда приводили к тупиковым инфекциям, которые не распространялись. Либо благодаря случайности, либо благодаря уникальной геномной последовательности предшественнику ВИЧ-1 М удалось утвердиться в организме человека.

ВИЧ-1 циркулировал среди населения Западной Африки в течение многих десятилетий до того, как разразилась эпидемия 1981 года. Все это время тлел оставшийся незамеченным зооноз, однако события, приведшие в конце концов к взрыву, стали предметом интенсивного изучения и обсуждения. В своей книге «Происхождение СПИДа» Жак Пепен (Pepin, 2011) убедительно показывает, что причины возникновения эпидемии заключались в социальных и политических изменениях, имевших место в колониальной Западной Африке. Учреждение городской торговли и строительство колониальных административных центров в африканских городах создали центры притока рабочей силы. Леопольдвиль быстро стал самым населенным городом Бельгийского Конго. В городе, где жили многочисленные рабочие, оставившие семьи в деревнях, процветала проституция. Эти факторы сыграли свою роковую роль вкупе с организованными колониальными властями (с самыми лучшими намерениями) медицинскими кампаниями, в результате которых болезнь широко распространилась из-за повторного использования шприцев и игл. Все это лило воду на мельницу эпидемии. Разразилась буря. Длительный инкубационный период заболевания, отклонения от традиционных социальных норм, характерных для сельских районов Африки дали возможность вирусу за несколько десятилетий прочно утвердиться в человеческой популяции. Изменения в социальном поведении людей позволили возникнуть эпидемии, которая из своего эпицентра в Киншасе распространилась на весь мир.

Многие ученые в настоящее время активно прослеживают пути, приведшие вирус в США и во весь остальной мир. Эпидемиологические исследования и филогенетический анализ вирусных таксонов, отделенных друг от друга во времени и по географическому положению, позволили картировать ход развития пандемии (Gilbert et al., 2007). Пандемический штамм ВИЧ-1 М, названный подтипом В, вместе с инфицированным больным прибыл из Африки на Гаити, вероятно, в 1966 году. Несмотря на то что есть несколько свидетельств о нескольких передачах этого вируса вне Гаити, именно оттуда вирус попал в США, где и породил североамериканскую эпидемию. Интересно, что это, скорее всего, произошло уже в 1969 году. Вирус распространялся среди населения США больше десяти лет, оставшись незамеченным. Вероятно, вирус циркулировал среди гетеросексуалов до тех пор, пока не попал в мужскую гомосексуальную среду, то есть в группу повышенного риска. Здесь способ передачи оказался более эффективным, и возникший пандемический вирус начал распространяться быстрее и вскоре был замечен в гомосексуальных сообществах крупных городов США. Оттуда эпидемия распространилась по всему миру прямыми авиарейсами. Передающийся половым путем вирус, вызывающий длительно и бессимптомно протекающее заболевание и существующий в организме больного, является мощным средством распространения пандемии. Изменения поведения людей в Африке и в остальном мире создали благоприятные условия для вспышки этого зооноза.