Последние годы о. Анатолий жил недалеко от церкви, почти напротив, в ограде монастырской. Много народу ходило к нему. О. Нектарий, живший в скиту, завидит народ издалека и спрашивает: «Вы к кому?», а сам ведет к о. Анатолию. Тот был помоложе, еще не был «седенький».

Смятенье в народе, вызванное революционным безбожьем, устремляло верующих к старцам за духовной поддержкой. Начались гонения на монахов со стороны властей. В Оптиной устроили музей, позднее советский «Дом отдыха». Монахов ссылали, арестовывали, издевались над религией.

Трогательна повесть об о. Никоне, что пел в хоре. У него была небольшая рыжая бородка. Приехала комиссия; его арестовали и сослали и там предавали мукам и пыткам за веру. Через некоторое время получили его друзья по духу от него радостное, восторженное письмо. «Счастью нет предела, — писал он приблизительно так, — я захлебываюсь от счастья. Только подумать, слова моего Спасителя сказаны мне лично — блаженни есте, егда поносят вам, и изженут, и рекут всяк зол глагол, на вы лжуще мене ради. Радуйтеся и веселитеся, яко мзда ваша многа на небесех. И я это испытываю. Жду не дождусь, когда Господь мой решит Свой суд».

Пришла чреда и к о. Анатолию. Его красноармейцы обрили, мучили и издевались над ним. Он много страдал, но когда возможно было, принимал своих чад. К вечеру 29 июля приехала комиссия, долго расспрашивали и должны были старца арестовать. Но старец, не противясь, скромно попросил себе отсрочку на сутки, дабы приготовиться. Келейнику, горбатенькому о. Варнаве, грозно сказали, чтобы приготовил старца к отъезду, т.к. завтра увезут, и на этом уехали. Воцарилась тишина, и старец начал готовиться в путь. На другой день утром приезжает комиссия. Выходят из машины и спрашивают келейника о. Варнаву: «Старец готов?» «Да, — отвечает келейник, — готов», — и, отворив дверь, вводит в покои старца. Каково же было удивление их, когда их взору предстала такая картина. Посреди келии в гробу лежал «приготовившийся» мертвый старец! Не попустил Господь надругаться над Своим верным рабом, и в ту же ночь принял Своего готового раба, что было 30 июля 1922 года, в память перенесения мощей преп. Германа Чудотворца Соловецкого.

Его духовная дочь, Е. Г. Р., свидетельствует: «В 1922 году, перед Успенским постом, получаю от батюшки о. Анатолия письмо, которое оканчивается так: “Хорошо бы было тебе приехать отдохнуть в нашей Обители”. Сразу не собралась, не поняла, почему батюшка зовет приехать; а когда приехала в Оптину — было уже поздно: на другой день был 9-й день со дня смерти дорогого батюшки. Батюшка о. Анатолий скончался 30 июля 1922 года. Грустно было; чувствовалась потеря близкого человека, которого никто заменить не может. К 9-му дню съехались различные лица, в разговоре с которыми, я узнала, что не я одна опоздала, были и другие опоздания, которых батюшка вызывал или письмом, или явившись во сне. Но были и такие, кто застал еще батюшку живым».

О погребении старца Анатолия сведений у нас нет, но известно, что его положили рядом с могилой Старца Макария. Притом когда копали, то могила старца Макария обвалилась, гроб приоткрылся и тело блаженного старца обнаружилось совсем сохранившимся.

В заключение приведем несколько строчек другой духовной дочери Старца Анатолия, Монахини Марии, писавшей в Бар-Град:

«Как хочется вернуть хоть на месяц то блаженное времечко дорогой и незабвенной духовной моей родины — Оптиной. Когда будучи уже взрослой, гостя там месяца по два с половиной, чувствовала себя безмятежно счастливой, как ребенок под нежно любящей опекой старца-отца, заменяющего одновременно и мать, и брата, и друга, и няню, с тою лишь разницею, что в нем, в этом старце-отце, все скреплено и покрыто неземной любовью.

Вспомните, родная, вспомните Владимирскую церковь, а в ней толпу богомольцев, 80-70 человек. Кто не был утешен его словом, отеческой улыбкой, взглядом, истовым преподанием св. благословения, его смиренным видом. Кто?.. Только вышел батюшка — у всех уже лица просияли, несмотря на гнетущее настроение — с радостью редко кто приезжал туда. Ушел батюшка — все то же сияние у всех. Крестясь с сердечным успокоенным вздохом с благодарностью к Богу, уходят богомольцы в путь часто далекий, приходя к нему иногда только лишь затем, чтобы принять благословение и получить в наставление что-нибудь, сказанное на ходу. 16 лет жила под руководством незабвенного батюшки Анатолия. 16 лет сплошной духовной радости. Слава Богу, давшему испытать мне неземную радость здесь еще на земле, видеть небесного ангела. В этой тяжелой скорбной жизни часто воспоминания живые хоть на минуту дают успокоение и за то благодарение Создателю».