Первый недостаток приведенной модели состоит в том, что она связывает все приобретенные признаки с выгодой, которую они приносят их обладателям. Маловероятно, что каждое из свойственных собакам качеств обязано своим происхождением исключительно пользе, приобретаемой его носителями в условиях обитания в антропогенной нише. Дело в том, что отбор, которому подверглись предки собак на первых этапах своей эволюции, представлял собой селекцию особого типа, при которой новые признаки могли сохраняться в популяции и без видимой от них выгоды. Вот что говорит об этом Миклоши:

Этот процесс привел к «мягкому отбору» (relaxed selection), который повлек за собой одновременно увеличение численности популяции, многообразие фенотипов и появление черт не всегда адаптивного характера. Приобретенные черты возникают и сохраняются в популяции не по причине каких-то особенных утилитарных качеств, а только потому, что они перестают быть помехой для выживания, значимой в рамках прежней экологической ниши.

Конечно, добавляет Миклоши, очень может быть, что вслед за этим собаки могли подвергнуться и более строгому — «направленному» — отбору, обусловленному их более тесными контактами с человеком. Вначале он мог быть по большей части ненамеренным, впоследствии — отчасти намеренным, если говорить об исторической эпохе, когда начали формироваться различные породы собак. Так, например, археологические исследования позволили установить, что римлянам и китайцам удалось путем селекции вывести собак с короткими лапами.

И все-таки даже для этих этапов эволюционной истории собак модель эволюции путем отбора полезных или выгодных в репродуктивном плане генных мутаций не слишком подходит, поскольку наталкивается на непреодолимое препятствие. Генные мутации, способные отразиться в фенотипе, появляются в природе регулярно, но относительно редко. За истекшее с момента начала одомашнивания время не могло произойти такого количества генных мутаций, которое обеспечило бы достаточную для естественного отбора гамму вариаций и значительный кумулятивный эффект. И уж тем более этот механизм не мог быть задействован в процессе сознательной селекции собак и выведении различных пород, начатом относительно недавно.

Короче говоря, бóльшая часть свойственных собакам качеств, особенно такие, как короткая по сравнению с волчьей морда, проявление лояльности или покорности по отношению к человеку, виляние хвостом, разнообразие размеров и пропорций, многочисленные вариации масти — от короткошерстного черно-белого пятнистого далматинца до золотистого ретривера с относительно длинной шерстью золотистого или кремового окраса, — не может рассматриваться в прямой связи с действием какого-либо гена. Для этого гены, отвечающие за каждое из этих качеств, должны были бы появиться естественным путем в результате мутаций и впоследствии распространиться в популяции благодаря репродуктивному преимуществу, которое они обеспечивали его носителям.

В таком случае как же объяснить эволюционный путь собаки? Какими биологическими трансформациями сопровождалось одомашнивание и какое участие в этих переменах принимали гены?