Среди огромных заслуг Николая II в самых различных государственных областях видное место занимают его исключительные заслуги в вопросах религии. Они связаны с главной заповедью для каждого гражданина своей родины, своего народа чтить и сохранять свое историческое и духовное наследие. Православие духовно-нравственно скрепляло национально-государственные начала России, для русского человека оно было больше, чем просто религией, оно было глубокой духовно-нравственной основой жизни. Русское Православие развивалось, как живая вера, состоявшая в единстве религиозного чувства и деятельности. Оно являлось не только религиозной системой, но и состоянием души — духовно-нравственным движением к Богу, включавшим все стороны жизни русского человека — государственную, общественную и личную. Церковная деятельность Николая II была весьма широкой и охватывала все стороны церковной жизни. Как никогда раньше, в годы царствования Николая II получили распространение духовное старчество и странничество. Росло число построенных церквей. Увеличилось число монастырей и монашествующих в них. Если в начале царствования Николая II существовало 774 монастыря, то в 1912 году 1005. В его царствование Россия продолжала украшаться обителями и церквами. Сравнение статистических данных за 1894 и за 1912 годы показывает, что за 18 лет было открыто 211 новых мужских и женских монастырей и 7546 новых церквей, не считая большого количества новых часовен и молитвенных домов.

Кроме того благодаря щедрым пожертвованиям Государя, в эти же годы во многих городах мира сооружаются 17 русских храмов, выделявшихся своей красотой и ставших достопримечательностями тех городов, в которых они построены.

Николай II был истинным христианином, бережно и благоговейно относящимся ко всем святыням, прилагавшим все усилия для их сохранения для потомков на все времена. Затем, при большевиках, происходит тотальное разграбление и уничтожение храмов, церквей и монастырей. Москва, которую по обилию церквей называли златоглавой, потеряла большую часть своих святынь. Исчезли многие монастыри, создававшие уникальный колорит столицы: Чудов, Спасо-Андроньевский (уничтожена надвратная колокольня), Вознесенский, Сретенский, Никольский, Ново-Спасский и другие. Некоторые из них с большими усилиями сегодня восстанавливаются, но это только небольшие фрагменты благородных красавцев, некогда величественно возвышавшихся над Москвой. Некоторые монастыри полностью сровняли с землей, и они потеряны безвозвратно. Такого урона русское православие не знало за свою почти тысячелетнюю историю.

Заслуга Николая II в том, что он приложил все свои духовные силы, ум и талант, чтобы возродить духовные основы живой веры и истинного Православия в стране, которая была в то время самой могущественной православной державой мира. Николай II прилагал огромные усилия к восстановлению единства Русской церкви. 17 апреля 1905 г. накануне Пасхи он издает указ «О укреплении начал веротерпимости», которым была положена основа преодоления одного из самых трагических явлений российской истории — церковного раскола. После почти 50-летнего запустения были распечатаны алтари старообрядческих храмов (запечатанные при Николае I) и в них разрешено служить.

Государь, отлично знавший церковный устав, хорошо понимал, любил и ценил церковное пение. Сохранение истоков этого особого пути и дальнейшее его развитие позволило русскому церковному пению занять одно из почетных мест в мировой музыкальной культуре. После одного из духовных концертов Синодального хора в присутствии Государя, как вспоминает исследователь истории синодальных училищ протоиерей Василий Металлов, Николай II сказал: «Хор достиг самой высшей степени совершенства, дальше которого трудно себе представить, что можно пойти».

В 1901 году Император повелел организовать комитет попечительства о русской иконописи. Его основные задачи формировались так: сохранить в иконописи плодотворное влияние образцов византийской древности и русской старины; установить «деятельные связи» между официальной церковной и народной иконописью. Под руководством комитета создавались пособия для иконописцев. В Палехе, Мстере и Холуе были открыты иконописные школы. В 1903 году С.Т. Большаков выпустил иконописный подлинник, на 1 странице этого уникального издания автор писал слова благодарности Императору за его державное покровительство русской иконописи: «…Мы все надеемся видеть поворот в современном русском иконописании к древним, освященным веками образцам…»

С декабря 1917 года, когда еще арестованный Николай II был жив, вождь мирового пролетариата начал расправу над духовенством и разграбление церквей (по терминологии Ленина — «очищение»), при этом повсеместно иконы и вся церковная литература, в том числе и уникальные ноты сжигались на кострах возле церквей. Это делалось более 10 лет. При этом многие уникальные памятники церковного пения беЗследно исчезли.

Заботы Николая II о церкви Божией простирались далеко за пределы России. Во многих церквах Греции, Болгарии, Сербии, Румынии, Черногории, Турции, Египта, Палестины, Сирии, Ливии имеется тот или иной дар мученика. Дарились целые комплекты дорогих облачений, иконы и богослужебные книги, не говоря уже о щедрых денежных субсидиях на их содержание. Большинство Иерусалимских храмов содержались на русские деньги, а знаменитые украшения Гроба Господня были дарами русских Царей.