Уже в первые дни Великой Отечественной войны войскам НКВД всех видов приходилось выполнять служебные и служебно-боевые задачи совместно или во взаимодействии с местными органами НКВД и милицией. По большей части взаимодействие касалось вопросов оперативного характера. В соответствии с Постановлением Совета Народных Комиссаров от 24 июня 1941 года «О мероприятиях по борьбе с парашютными десантами и диверсантами в прифронтовой полосе» и «Об охране предприятия и учреждений и создании истребительных батальонов» в каждом административном районе создавались истребительные батальоны численностью по 100–200 человек. Командирами истребительных батальонов назначались оперативные работники органов НКВД или начальники районных отделов милиции. Военная обстановка в начале войны, однако, складывалась таким образом, что задача охраны объектов отошла как бы на второй план. Война требовала иного подхода к применению истребительных батальонов и самих сотрудников правоохранительных органов.

Уточненные задачи перед личным составом местных органов НКВД и милиции были поставлены директивой НКВД СССР от 7 июля 1941 года. В документе говорилось, что военная обстановка требует от личного состава органов НКВД и милиции в любое время суток быть в постоянной готовности самостоятельно или во взаимодействии с войсками НКВД и подразделениями Красной Армии выполнить боевые задачи по ликвидации диверсионных групп, парашютных десантов противника, а также вести иного рода работу в соответствии со сложившейся ситуацией.

На основании требований директивы НКВД СССР начальники войск НКВД по охране тыла фронтов подчинили себе в оперативном отношении личный состав милиции тех районов, которые оказались в прифронтовой полосе. В этих случаях работники милиции могли осуществлять служебно-боевую деятельность совместно с войсками НКВД по охране тыла или выполнять задачи самостоятельно в соответствии с решениями военного командования. Так, милиция г. Киева была подчинена начальнику охраны тыла Юго-Западного фронта и выполняла задачи по наведению порядка в прифронтовой полосе, несла службу на фронтовых коммуникациях, вылавливала враждебный и преступный элемент. Выполняла она также задачи по обеспечению порядка и безопасности во время эвакуации людей и материальных ценностей. По решению Военного совета фронта из сотрудников милиции были сформированы подразделения по охране важных объектов: аэродромов, нефтебаз и т. д. [36]. В последующее время аналогичные задачи сотрудники милиции решали в прифронтовой полосе других фронтов, неизменно во взаимодействии с командованием войск НКВД и местными органами государственной власти.

Взаимодействие это обуславливалось постановлением ГКО СССР от 22 октября 1941 года. На основании его требований войска НКВД и милиция в оперативном отношении были подчинены Городским комитетам обороны, которые создавались в крупных промышленных центрах [37]. Разрешение спорных вопросов по службе, оперативно-боевой деятельности, возникших между войсками и органами НКВД, милиции, осуществлялось через УНКВД областей или НКВД союзных республик. При этом следует отметить: несмотря на различие сфер деятельности войск и территориальных органов НКВД, милиции, решение всех вопросов оперативного характера и выполнения служебно-боевых задач осуществлялось, как правило, при всесторонней поддержке друг друга, взаимопомощи и согласованности.