В 1878 году, окончив Торопецкое духовное училище, Василий Беллавин покидает отчий дом, чтобы продолжить учебу в Псковской духовной семинарии, которую в разное время закончили его отец, дальние и близкие родственники. Уже в детские годы Василий Беллавин обратил на себя внимание прекрасными способностями, глубокими знаниями и искренней религиозностью. По воспоминаниям соучеников, он был высок ростом, белокур, обладал ласковым и приветливым характером, всегда был готов помочь товарищам, неизменно обращавшимся к нему за разъяснениями уроков, особенно за помощью в составлении и исправлении многочисленных в семинарии сочинений. Те любили его и дали ему шутливо-уважительное прозвище — Архиерей.

Впоследствии, в кровавые 20-е годы XX столетия, однокашники святителя Тихона вспоминали, что у Васи-Архиерея была хорошая шуба. Мальчики, кто победнее, постоянно просили ее напрокат: съездить к родным, сходить в город. «Поэтому нередко бывало так: смотрит кто-нибудь из скучающих семинаристов в окошко и вдруг, увидав удаляющуюся фигуру в знакомой шубе, спросит в раздумье:

— А куда это Вася пошел гулять?

На что товарищи отвечали довольно равнодушно:

— Никуда он не пошел… Вон сидит уроки учит…

— А!.. Так это шуба его гуляет» [5, с. 9].

Это наиболее яркие эпизоды семинарской жизни Василия Беллавина. В отличие от многих сверстников, обучавшихся и в духовных, и в светских учебных заведениях, будущего Патриарха не тянуло на «подвиги», связанные с употреблением спиртного или революционными кружками, что было редкостью среди семинаристов и гимназистов того времени. Но он был искренне заинтересован учебой и считался гордостью семинарии, которую окончил одним из первых на курсе.

По окончании Псковской семинарии в 1884 году, Василий Беллавин поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию. Учеба в академии много дала ему. Впоследствии Василия Беллавина, принявшего постриг с имением Тихона, не раз назовут «европейски просвещенным человеком» и в разных странах будут восхищаться его высокой образованностью, культурой, тактом.

Несмотря на искреннюю увлеченность науками и успех в учебе, он по-прежнему был приветлив с товарищами и всегда рад прийти им на помощь. Все это сделало Василия Беллавина любимцем товарищей-студентов, которые шутя называли его Патриархом. В те времена не могло и в голову прийти, что это шуточное прозвище окажется пророческим, потому что патриаршества тогда в России не существовало. Впоследствии, когда он стал первым в России после 217-летнего перерыва Патриархом, его товарищи не раз вспоминали это пророческое прозвище.

Учась в академии, Василий Беллавин очень сблизился с одним из преподавателей и одновременно инспектором академии — архимандритом Антонием (Вадковским), ставшим в 1887 году ректором с возведением в сан епископа Выборгского, будущим митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским. Впоследствии святитель Тихон не раз вспоминал своего наставника с большой любовью и уважением.

В 1888 году Василий Беллавин блестяще окончил академию со степенью кандидата богословия за сочинение «Кенэль и отношение его к янсенизму».