Механизм зачета убытков зависит от метода включения прибыли КИК в налоговую базу резидента (т. е. от индивидуального или транзакционного подхода). При индивидуальном подходе, когда в базу включается весь доход КИК, убытки чаще всего принимаются к вычету. Если налоговая база КИК рассчитывается по налоговым правилам страны местонахождения резидента, то зачет убытков производится по данным правилам. В странах, применяющих транзакционный подход, убытки от пассивных операций вычитаются из прибыли от аналогичных операций. В большинстве стран также разрешается переносить убытки КИК на будущее и вычитать их из расчетной налоговой базы КИК последующих лет. Изредка разрешается объединить прибыль и убытки различных КИК между собой.