Мотт ещё в юности принял активное участие в деятельности Христианской ассоциации молодёжи (ИМКА) в США. В 1895 г. он основал в Швеции, в древнем монастыре святой Биргитты, Всемирный христианский студенческий союз. Он же основал Студенческое добровольное движение иностранных миссий. С 1901 по 1903 г. Мотт совершил поездки в Азию, Австралию и Европу и везде содействовал созданию христианских студенческих организаций. После Эдинбургской конференции Джон Мотт возглавлял постоянный комитет, направлявший деятельность экуменических организаций между конференциями. В 1917 г. Мотт со специальной делегацией выехал в Россию, где встречался с митрополитом Московским Тихоном и получил от обер-прокурора Синода Львова письмо с заверениями о поддержке экуменического движения «Вера и Устройство». После войны он присутствовал на Парижской мирной конференции, где защищал свободу религии. Мотт духовно и материально поддерживал русское Православие в эмиграции; при его поддержке были созданы в Париже Религиозно-философская академия под руководством Николая Бердяева, издательский журнал «Путь», куплено Сергиево подворье, открыт Богословский институт, основано издательство «ИМКА-Пресс». Он же инициировал создание Русского студенческого христианского движения в эмиграции.
