После ареста 23 февраля 1943 г. Бенно Хеллер сначала находился в Берлине, в следственной тюрьме, а затем был вывезен в Освенцим. Там ему, вероятно, пришлось работать врачом. Осенью 1944 г. он попал в концлагерь Заксенхаузен, а затем – во внешний лагерь Либерозе-Ямлиц, где его последний раз видели в середине января 1945 г. Обстоятельства и точная дата смерти Бенно Хеллера неизвестны.
