Самтавро-Преображенская церковь и женский монастырь святой Нины расположены при слиянии Мтквари и Арагви. Монастырь находится в ведении католикос-патриарха всея Грузии, архиепископа Мцхетского и Тбилисского Илии II. Мцхета в старых источниках называли вторым Иерусалимом.

В этих местах находится «ежевичник» (Маквловани), где святая Нина проповедовала веру Христову. После преставления святой Нины вернувшийся из Бодбе равноапостольный царь Мириан пожелал выстроить здесь храм Самтавро: «… пошли царь и весь народ, и строили верхнюю церковь из камня и закончили на четвертом году». Участие «всего народа», желание царя и четыре года строительства — это признак того, что храм был довольно масштабный.

«Картлис цховреба» словами святого царя Мириана говорит: «… и построил церковь на этом “ежевичнике” (подразумевается малая церковь в Маквловани), и построил верхнюю церковь (Самтавро) для себя и народа грузинского, потому что нижняя церковь (Свети-Цховели) называлась Святая святых, и не дерзал всегда прикасаться к дверям ее».

По свидетельству Вахушти Багратиони, «Мириан построил церковь с каменным куполом, великолепную, и сам был там похоронен». Церковь Самтавро стала усыпальницей: «… и похоронен был Мириан к югу от Святая равноапостольная Нина — просветительница Грузии.

Икона конца XX века среднего столпа, и на четвертый год умерла царица Нана и похоронена к западу от того же столпа, где был похоронен царь».

Из-за того, что святая обитель со дня своего основания стала усыпальницей предстоятелей Церкви, ее и назвали Самтавро (Мтавари-глава). Из сохранившихся летописей видно, что благодаря крупным пожертвованиям храм был одним из богатейших в Грузии.

Известно, что на протяжении веков Самтавро был центром христианской церковной жизни и духовного подвига. В первой половине XI века, во времена царствования Георгия I, по указу католикоса Мелхиседека храм расширили, пристроили южные врата и украсили оригинальным орнаментом. Также украсили храмовый интерьер. Во второй половине XIX века, во времена экзархата, храм обновила игуменья женского монастыря святой Нины, Нино Амилахвари. Также было основано женское духовное училище (4 классная прогимназия), которую потом перенесли в Тбилиси.

В храме Самтавро находится множество святынь, часть Животворящего Столпа, чудотворная Иверская икона Божией Матери, на ней читается: «Свято-Иверский грузинский монастырь 1919 г.», чудотворная икона святой Нины, пожертвованная из Петербурга царем Георгием XII своим внукам в 1870 году, могилы святых царей Мириана и Наны, мощи святого Авива Некресского (VI), под святым престолом в алтаре мощи преподобного Шио Мгвимского (VI в.), часть камня с могилы святой Нины из Бодбе и др.