То есть английский флаг.

Плимут — порт в Великобритании на полуострове Корнуолл.

Алькальд — то есть начальник, в данном случае комендант порта.

Шпангоуты — изогнутые балки по обе стороны от киля, служащие основанием для накладки бортов.

Новыми христианами, или маранами, называли в Испании крещёных евреев, Сабатини, сочувствуя преследуемым инквизицией евреям (см. например роман «Морской ястреб»), здесь устами Ибервиля несправедливо обвиняет маранов, многие их которых приняли христианство не из соображения карьеризма, а из страха перед мучительной смертью или по искреннему убеждению.