Послушником общежительного монастыря Старец был недолго. Однако уже в начале своей монашеской жизни он выучил наиважнейшую монашескую дисциплину — послушание — и получил по этому предмету отличную оценку. Вначале с радостным расположением он оказывал совершенное послушание своему игумену и старцу. Также он без рассуждения слушался членов монастырского Духовного Собора. Когда он спрашивал их о том, как сделать то или иное дело или как поступить в том или ином случае, они отвечали: «Сделай так, как тебя просветит Бог». Однако такой ответ его огорчал: он хотел, чтобы старшие давали ему конкретные указания, он хотел совершенно отсечь свою волю. Самые тяжёлые экзамены на послушание Старец сдал, слепо слушаясь старца И., который, как сказано выше, нагружал его тяжёлыми работами, строго обличал его, делая всё это без ведома игумена. Добрый послушник терпел всё молча, укоряя себя. Он никогда не осуждал старца И. — даже в помысле. Он верил в то, что эти испытания Бог попустил за его грехи. В конце концов послушание отцу И. довело отца Паисия до кровотечения, и его положили в монастырскую больницу. Там он благодарил Бога и молился за старца И., потому что получил от него пользу. «Он бил меня, как бьют пойманного осьминога, — говорил Старец, — но он очистил меня от всей внутренней нечистоты».

Старец опытно переживал Таинство Послушания. Опытно познав, какие блага приносит эта добродетель, он стремился к ней и искал её. Он говорил: «Знайте: весь секрет монашеской жизни заключён в послушании: в том, чтобы отсекать свою волю — если это возможно, то даже и перед тем, кто тебя младше, если, конечно, нет опасности ему повредить. Тогда приходит Благодать Божия. Уйдя из общежития, я остро чувствовал необходимость оказывать кому-то послушание. Когда я перешёл в Стомион, то ближайший ко мне монах, отец Серафим, жил от меня в девяти часах пешего пути. Поэтому я взял к себе в монастырь одного двенадцатилетнего незаконнорождённого ребёнка, которого все презирали, и сделал его своим старцем. Я его спрашивал: „Ну что, сынок, как ты думаешь, надо мне это делать?“ И я делал то, что он мне говорил. Например: „Ну как ты думаешь, пойти мне пилить дрова?“ — „У тебя что, не в порядке с головой, что ты хочешь идти пилить дрова!“ — отвечал он мне. Так я отсекал свою волю и шёл заниматься чем-то другим. Если бы вы знали, какую я получил от этого пользу! Конечно же, люди, видя всё это, удивлялись — поскольку они относились ко мне с уважением. „Погляди-ка, — говорили они, — он оказывает послушание ребёнку!“ Но и ребёнок укрепился, научился проявлять инициативу и, получив таким образом помощь, стал настоящим человеком. Однако я, отсекая свою волю, получил пользу большую, чем он. Отсечение воли помогает в духовной жизни». Конечно, в какой-то момент Старец дошёл до такого состояния, что уже не имел нужды в послушании в его начальной форме — то есть в слепом послушании старцу — поскольку он сумел стяжать умное подчинение [Богу]. «Для того, кто добре совершил духовное послушание, плоть подчинив духу, не требуется послушание человеческое, ибо таковый в послушании состоит слову Божию и закону как благодарный раб».

Подобного высшего состояния достиг и Старец Паисий. Он подчинил своё мудрование Благодати Божией, будучи руководим Духом Святым. Как говорил преподобный Пётр Дамаскин: «Когда же воцарится в нас Благодать Духа, тогда уже не будем иметь своей воли, но всё что ни бывает с нами, есть воля Божия. Тогда мир имеем».

У Старца уже не было собственной воли, собственного плана, собственной программы действий. В письме от 3 ноября 1972 года он писал: «Программу моих действий составляет Бог, а не я. Несмотря на то что я уже не планирую заранее, когда мне выезжать в мир, если случается нужда, я — даже и не желая выезжать с Афона — не могу противиться [воле Божией], потому что Бог побуждает меня к этому Своей любовью и моей собственной любовью к ближнему».

Помимо того что Старец имел просвещённый ум и рассуждение, в серьёзных вопросах он получал особые извещения от Бога — прося или даже не прося Его об этом. Несмотря на это, если речь шла о вопросах, касавшихся только его самого, он, по многому смирению, не хотел следовать своей личной воле, но спрашивал, как ему поступить других старцев, духовников, епископов и даже своих духовных чад — оказывая им послушание.

Старец говорил и следующее: «Насколько бы правильным не было моё личное мнение о касающемся меня вопросе, я не могу ему доверять, потому что это мнение — моё. Врач, если заболевает, не ставит себе диагноз сам. Он идёт к другому врачу, хотя бы тот и уступал ему в опыте и врачебном искусстве».

Первое время, когда Старец переселился в «Панагуду», до него стали доходить желчные комментарии некоторых монахов, кельи которых расположены на пути из Кариеса к его келье. Шедшие к Старцу посетители беспокоили этих отцов, и те роптали. Старец задумал сменить келью. Но когда он пошёл к одному из афонских духовников — иеромонаху Никодиму и спросил его об этом, тот ответил: «Если тебе не скажет об этом Священный Кинот, не уходи». Так Старец Паисий оказал послушание и остался в «Панагуде».

В другой раз Старца приглашали в безмолвное место в Канаду. Подобно тому как Великий Антоний спрашивал своего ученика, надо ли ему идти в Константинополь, Старец Паисий спрашивал, ехать ли ему в Канаду, своих духовных чад и, оказывая им послушание, не поехал. В другой раз он задумал посадить во дворе «Панагуды» несколько виноградных лоз, чтобы приходившие к нему паломники сидели в тени виноградных листьев. Однако, когда кто-то из монахов выразил несогласие с его желанием, Старец послушался и сажать виноград не стал.

Когда в «Панагуду» приходил служить Литургию какой-то иеромонах, Старец спрашивал его о том, что ему читать, пока тот совершает Проскомидию: Часы, молебный канон Пресвятой Богородице, правило ко Святому Причащению или же молитву Иисусову? «Я привык слушаться священника и делать то, что он мне говорит», — говорил Старец.

Если послушание есть отсечение воли и «отвержение… собственного желания», то это значит, что Старец Паисий до конца жизни был истинным послушником. Прежде всего, это проявлялось в презрении телесного покоя. «Отсекать волю свою пребывающему в келии своей — значит нерадеть о телесном покое во всех его видах». Кроме этого, отдавая себя людям, которые к нему приходили, Старец доходил до того, что «не мог быть себе хозяином». Даже если он был простужен, голоден или болен, или, хуже всего, мучился, как в конце своей жизни, от кровотечений, и ему надо было пойти в туалет, он с выдержкой терпел и отсекал не только свои естественные желания, но даже и наиболее естественные человеческие нужды. Старец даже сам придумывал всё новые и новые способы отсечения своей воли, давая таким образом другим пример послушания.

Но, несмотря на это, некоторые, не расположенные к Старцу люди говорили: «Кому оказывает послушание Старец Паисий? Мы не знаем, кто у него старец». Такие люди не понимали, что для Старца жить в послушании было легко, радостно и отрадно. Однако Бог возложил на него иное служение.

Старец говорил: «Я могу жить в слепом послушании. Однако если я несу за кого-то ответственность — то есть духовную ответственность как старец — то мне нужно проявлять инициативу самому».

Будучи послушником, Старец прошёл через разные стадии послушания и был утешением для своих старцев. Он научился послушанию на деле, а не из книг. Поэтому он понимал послушников и помогал им. И хотя, будучи послушником, он был строг и неуступчив к себе самому, позже, став Старцем, он подавал другим советы с мягкостью и снисхождением. Он отличался большой чуткостью, тонкостью и рассудительностью.

Старец хотел, чтобы послушание проистекало из свободы и совершалось с радостным расположением. Он не хотел, чтобы оно было формальным, внешним и казарменным, но — подчинением мудрованию Старца. Отец Паисий считал послушание исцелением от всех духовных болезней, а прежде всего — от гордости. Он подчёркивал: «Послушание — это самый быстрый и лёгкий путь. Это ключ, открывающий райскую дверь. Послушанием отсекаются своеволие, эгоизм, страсти, и потом к человеку приходит Благодать Божия и его жизнь становится Раем».

Старец говорил: «Если больной оказывает послушание врачу, то он выздоровеет. Если кто-то не очень умён и оказывает послушание, то он станет философом. Однако если у человека семь пядей во лбу, но послушания он не оказывает, то он себя погубит». Старец считал, что хуже всего, когда человек не слушает советы старцев и делает то, что говорит ему его помысел. Он говорил: «Если человек слушает свой помысел, то он наносит себе вред, он проиграл, он сам ищет своей погибели». Если кто-то спрашивал Старца не ради того, чтобы получить от него пользу или оказать ему послушание, но ради того, чтобы «вырвать» у него благословение поступить по своей воле, то Старец, прерывая бесплодную беседу, говорил: «Положи поклон своему помыслу и делай что хочешь». В таких случаях сам он от ответственности освобождался. Поэтому он подчёркивал: «Старцы дадут ответ Богу в соответствии с послушанием, которое оказывают им послушники».

Старец советовал: «Послушники должны оказывать послушание своему старцу. Если старец строг и несправедлив к ним, то они примут и обильную Благодать. Им не надо осуждать Старца. Если им трудно, пусть открывают ему свой помысел, а после этого делают то, что он им скажет. Послушник должен быть само рвение, само самоотречение, а старец лишь должен его немного притормаживать. Старцу нужно с рассуждением обрезать его лишние боковые ветви, но не верхушку [уродуя и делая его ни на что не годным]. Сперва сам старец должен пройти через послушание, ему не следует ставить на послушнике эксперименты. Старцы, которые требуют слепого послушания, должны отличаться очень хорошим зрением».

Советы Старца Паисия практичны, действенны. Они несут в себе внутреннее извещение, потому что то, о чём он говорил, он сначала применил на деле сам. Как «сотвори́вый и научи́вый» послушанию, он сначала явил себя благодатным послушником, а затем рассудительным Старцем. «Мой сладкий Паисий», — так называл отца Паисия за его послушание Старец, батюшка Тихон.