Беатрис была дочерью Хуана Фернандеса де Бобадильи, алькальда де-лос-Альказарес-де-Мадрид и коррехидора этого города, от Леонор Ортис. Хуан Фернандес являлся двоюродным братом маркизы Мойя. См.: Antonio Rumeu de Armas, Cristobal Colon y Dona Beatriz de Bobadilla, El Museo Canario, AEA, XXVIII, 343–378.