Дарию пришлось сначала усмирять большой мятеж в Вавилонии. Войско мятежников под предводительством Нидинту-Бела, который объявил себя Навуходоносором, сыном Набонида, заняло оборонительный рубеж возле Тигра и держало под контролем мосты и переправы. Но воины Дария переплыли Тигр верхом на верблюдах и лошадях, а также держась за пустые, надутые воздухом бурдюки, и нанесли внезапный удар, разметавший вавилонские отряды.

Прибыв потом в Египет, Дарий, подобно предшественникам, всячески продемонстрировал уважение к местным обычаям, принял имя Сетут-Ра («Потомок Ра»). И повелел найти нового Аписа – священного быка – взамен скончавшегося (одна из версий гласит, что прежний Апис был убит Камбисом во вспышке гнева). На протяжении всего царствования Дария I Египет был спокоен, а жители весьма ценили этого властителя. В Демотической хронике сказано, что египтяне были послушны Дарию «из-за превосходности его сердца». Имя Дария I встречается на египетских памятниках чаще, чем имена всех остальных персидских царей, вместе взятых.

После этого Дарий провел ряд реформ в Персидской державе, разделив ее на сатрапии, руководителей которых назначал лично. При этом сатрапы были сугубо гражданскими чиновниками, у них не было военных сил. Армией руководили военачальники, подчинявшиеся только непосредственно самому царю.

Примерно в 518 году до н. э. Дарий утвердил общегосударственную налоговую систему. Все сатрапии обязаны были платить строго зафиксированные для каждой области денежные налоги, устанавливаемые с учетом количества обрабатываемой земли и степени ее плодородности.

После 517 года до н. э. Дарий реформировал финансовую систему, установив единую денежную единицу – золотой сикль, иначе «дарик». Монета весила 8,4 г и чеканилась из 97-процентного золота. Монополия на выпуск этой монеты принадлежала царю. Сатрапы, правители вассальных земель и некоторые города могли выпускать свои деньги, но только серебряные и медные. И все они были привязаны к дарику, который на несколько веков стал основной денежной единицей в торговых делах не только Персии, но и окрестных стран.

На всем протяжении Персидской державы были проложены новые дороги, вымощенные камнем. Главная из этих трасс соединяла Сузы и Эфес. «Громадное государство нуждалось в средствах сообщения, необходимых и для контроля центральной власти над местными чиновниками, – пишет Б. А. Тураев в «Истории Древнего Востока». – Много говорят о прекрасных персидских дорогах, описанных так обстоятельно и Геродотом и Ксенофонтом в рассказе о походе Кира и при перечислении остановок и расстояний; итинерарий Исидора Харакского по Парфии также, вероятно, дает право заключать о персидских временах. Эти дороги следующие: так наз. «Царская» от Ефеса на Сарды и Сузы чрез Евфрат, Армению и Ассирию вдоль Тигра; от Вавилонии чрез Загр мимо Бехистунской скалы на Экбатану, а отсюда к бактрийской и индийской границе; от Исского залива к Синопу поперек Малой Азии и др.».

Была организована система почтовых станций со сменными лошадьми, благодаря чему гонцы могли стремительно перемещаться, развозя приказы царя и донесения сатрапов.

Держава его была весьма обширна, недаром Геродот говорит: «Большая часть Азии стала известна при Дарии. Царь хотел узнать, где Инд впадает в море (это ведь единственная река, кроме Нила, где также водятся крокодилы). Дарий послал для этого на кораблях нескольких людей, правдивости которых он доверял. Среди них был и Скилак кариандинец. Они отправились из города Каспатира в Пактии и поплыли на восток вниз по реке до моря. Затем, плывя на запад по морю, на тридцатом месяце прибыли в то место (как я сказал выше), откуда египетский царь послал финикиян в плавание вокруг Ливии. После того как они совершили это плавание, Дарий покорил индийцев и с тех пор господствовал также и на этом море. Таким-то образом было выяснено, что Азия (кроме восточной ее стороны) подобно Ливии окружена морем».