Несмотря на всю стройность аргументации и влиятельность получившегося труда, Гроций писал его по заказу власть имущих, меняющих курс в зависимости от политической обстановки. Голландцы вовсю ратовали за свободную торговлю в европейских водах, где их экспортеры правили бал и любое наложенное на них ограничение угрожало прибылям. Однако вытеснив из Юго-Восточной Азии португальцев, они начисто забыли о свободных морях и принялись защищать собственную монополию от посягательств англичан — указывая в том числе и местным мореходам, где и чем торговать. В 1605 году ОИК выгнала португальцев с островов Пряностей и подписала с местными правителями договоры по защите архипелага. Вскоре главными конкурентами голландцев стали их антикатолические союзники, англичане. Двенадцатилетнее перемирие, заключенное между Голландией и Испанией в 1609 году, обеспечило голландцам передышку, но к 1618 году война вновь замаячила на горизонте, и Генеральные штаты, чтобы не накалять отношения с Англией, выделили ей фиксированную долю в торговле пряностями в обмен на финансовое участие в формировании голландских гарнизонов. Генерал-губернатор Ост-Индии Ян Питерсон Кун скрепя сердце последовал примеру вышестоящих: объединенная англо-голландская эскадра осадила испанскую колонию в Маниле и в попытке направить морской Шелковый путь в Батавию захватила множество китайских джонок. Кун, строивший заокеанскую империю по той же модели, что и Афонсу де Албукерки, стал генералом-губернатором Ост-Индии в 1618 году. На следующий год вопреки протестам местного правителя нынешней Джакарты он заложил крепость Батавия, которая стала административной столицей пока непризнанной, но растущей голландской империи в Азии и крупнейшим рынком Ост-Индии. Прославившаяся в начале XVIII века как «королева Востока» и «тропическая Голландия», Батавия была скроена по европейскому образцу — кирпичные городские дома, правительственные здания, больницы, церкви, каналы. В черте города селилось правящее голландское меньшинство и зажиточные китайцы, разрозненным общинам бугийцев с юга Сулавеси, а также колониям мадурцев, балийцев и амбонцев отводилось место за городскими стенами.

Китайские власти в деле «Санта-Катарины» приняли сторону португальцев и, объявив голландцев пиратами, запретили им торговать. В 1624 году голландцы выстроили на Тайване форт Зеландия. Тайвань, расположенный менее чем в ста милях от материкового Китая, населяли представители коренного австронезийского народа. Их предрасположенность к охоте за головами охладила интерес китайцев к этому острову, и к XVI веку он превратился в пиратское логово. К 1603 году китайцы все же начали туда наведываться, польстившись на обилие оленей, чьи шкуры высоко ценились японцами. Стратегически выгодное расположение острова манило и пиренейских, и японских торговцев, которые делали вялые попытки там обосноваться, однако настоящий прорыв совершили только голландцы, превратившие форт Зеландия в перевалочный пункт для торговцев из Китая, Японии, Филиппин, Юго-Восточной Азии и Батавии. Голландский Тайвань, как Батавия и испанская Манила, был преимущественно китайским — как выразился один голландский чиновник, «китайцы — единственные медоносные пчелы на Формозе [Тайвань]». К 1645 году китайское население острова насчитывало пятнадцать тысяч человек, многие из которых были заняты в сахарном производстве, перенесенном голландцами из Юго-Восточной Азии.

В материковой части положение династии Мин становилось все более шатким. В 1610 году монгольские маньчжуры разорвали связь с Мин, за последующую четверть века укрепили свою власть над Монголией и основали династию Цин. Когда в 1644 году армия повстанцев заняла Пекин и последний император Мин повесился, некоторые китайцы воззвали к маньчжурам о помощи. Как часто случалось прежде, приверженцы империи отступили на южное и юго-восточное побережья, где сопротивление маньчжурам было сильнее всего, хотя руководили им местные князьки и авантюристы. Одним из самых заметных вождей сопротивления был Чжэн Чжилун, чья семья контролировала значительную часть морских путей между Ханчжоу и Гуанчжоу. В 1646 году маньчжуры захватили Ханчжоу, и Чжэн переметнулся к ним, но его сын Чжэн Чэнгун, более известный как Коксинга (он родился от матери-японки в порту Хирадо к северу от Нагасаки), сохранил верность прежним властям. Чжэн-младший копил силы в южной части империи Мин. В 1659 году он двинулся на Нанкин, но приверженцы Мин не сумели подняться на подмогу, и флотилия Чжэна — от пятидесяти до ста тысяч человек на тысяче судов — отступила вниз по Янцзы к островам Цзиньмэнь близ Сямыня. После этого Чжэн решил перебраться со своими сторонниками на Тайвань и в 1662 году вытеснил голландцев с острова.

Через год Чжэн умер, но его сторонники по-прежнему представляли прямую и недвусмысленную угрозу для материкового Китая. Чтобы оградить себя от нападения последователей Чжэна, маньчжуры повелели всему населению провинций Чжэчзян, Фуцзянь, Гуандун и Гуанси перебраться не меньше чем на тридцать километров в глубь страны. Переселение миллионов людей стало для морской торговли Китая огромным ударом, от которого она не могла оправиться еще два десятилетия. В 1683 году император Канси отправил одного из бывших капитанов Чжэна Чэнгуна отвоевывать Тайвань. Двадцатитысячное войско и флотилия из трехсот кораблей взяли остров без труда, а затем власти, не желая пускать туда иностранных коммерсантов, присоединили его к своим владениям, сняли запрет на международную морскую торговлю для собственных подданных и позволили тем переселиться обратно на побережье. Поначалу нехватка ходовых товаров снова отодвинула Тайвань на задворки азиатского рынка, однако впоследствии он стал рисовой житницей Фуцзяня, а в конце XX века — самостоятельным крупным центром судостроения и мировой торговли.

Выдворение голландцев с Тайваня частично компенсировалось их привилегированным положением как единственных европейцев, допущенных в Японию. При сменившем Хидэеси Токугаве Иэясу японские купцы начали торговать с Юго-Восточной Азией. Иэясу поощрял внешнюю торговлю, но держал ее под строгим государственным контролем — за пределы японских вод судно могло выйти только при наличии выданной властями грамоты с красной печатью сюин. Тем не менее с 1604 по 1635 год без сюин плавало 370 судов, а «японские города» имелись на Филиппинах, Суматре, Яве, во Вьетнаме, Таиланде и Мьянме. Однако в конечном счете судьба морской экспансии Японии оказалась тесно связана с японскими христианами. В 1630-х внук Иэясу Токугава Иэмицу, намереваясь ограничить христианское влияние, издал ряд указов (кайкин), которые удерживали японцев на родине и запрещали возвращаться домой любому, кто провел больше пяти лет за границей. В 1639 году после Симабарского восстания, в котором участвовало в основном христианское крестьянство, португальцы (давно подозреваемые в тайном ввозе священников на Японские острова) были объявлены в Японии вне закона. С этого момента каналы связи Японии с внешним миром ограничивались «четырьмя вратами» — Цусимой (торговля с Кореей), Сацумой (торговля с островным царством Рюкю), Мацумаэ на юго-западе Хоккайдо (торговые сношения с айнами) и Нагасаки (для торговцев из Китая, Тайваня и Батавии).

Первыми голландцами, четырьмя десятилетиями ранее попавшими в Японию, были несколько уцелевших после тихоокеанского перехода на голландском каперском судне. Трое членов экипажа, в том числе англичанин Уильям Адамс, получили разрешение торговать за границей и выходить в море из Хирадо. Голландцы использовали порт не только для торговли с заходящими туда китайскими купцами, но и для нападения на португальские и китайские суда, идущие в Макао, Манилу и Нагасаки. Однако захваты судов, следующих в Нагасаки, отразились на доходах сегуна, и он повелел торговцам ОИК прекратить каперскую деятельность. Понимая, что единственный способ сохранить выгодные им отношения с Японией — обеспечить мирную торговлю, голландцы сумели удержаться от нападений на суда пиренейских держав даже во время войны Нидерландской республики с Испанией. ОИК готова была почти на все, лишь бы не поссориться с Японией — в изданном Советом семнадцати предписании для голландских торговцев хорошо видна разница между средневековыми идеалами крестоносцев, которыми и в XVI веке руководствовались испанцы и португальцы, и рыночным капитализмом новой эпохи:

Представителям компании… подобает, прежде всего, умеренность, смирение, учтивость и дружелюбие; по отношению к японцам следует всегда проявлять обходительность, чтобы рано или поздно завоевать их сердца. Умеренность подразумевает бережливость и осмотрительность в любых торговых сделках; смирение означает, что не следует смотреть на этот обидчивый народ свысока: всегда ведите себя как нижестоящие. Покорность означает, что не стоит противиться их законам, но без лишнего пресмыкательства и робости всегда стараться негласно утвердить права компании.

Покладистость голландцев не знала границ. Когда сегун приказал снести склад в Хирадо — из-за красующейся над входом даты по христианскому летоисчислению Anno Domini (Лето Господне) 1639, — торговцы подчинились моментально. Удовлетворенные проявлением покорности, японцы разрешили им остаться, но переместили на искусственный остров Десима в бухте Нагасаки, который на два с лишним столетия превратится в базу ОИК. Компания оставалась единственным для Японии окном в мир за пределами Восточной Азии до прибытия в 1853 году американского флота, открывшего новую страницу в истории японского мореплавания.