В 1997 году состоялось совещание руководителей Совета безопасности и специальных служб и государств СНГ. В структуре Федеральной службы безопасности РФ были созданы: Управление разработки и пресечения деятельности преступных организаций (позднее расформировано), Следственное управление, Оперативно-поисковое управление и Управление оперативно-технических мероприятий, а также специальная служба экономической контрразведки (ранее – подразделения по борьбе с коррупцией и контрабандой; позднее – Департамент экономической безопасности).

В соответствии со ст. 10 («Борьба с преступностью») Федерального закона «О Федеральной службе безопасности Российской Федерации» (от 3 апреля 1995 года) органы ФСБ стали принимать участие в борьбе с ОП, коррупцией и координировать свою деятельность с МВД (в том числе совместные операции – «Трал», «Перехват», «Заслон», «Янтарь», «Золото» и др.).

Координирующим органом над всеми государственными структурами стала Межведомственная комиссия Совета безопасности РФ по общественной безопасности, борьбе с преступностью и коррупцией (положение о ней было утверждено 24 апреля 1995 года). Непосредственная координация деятельности структур осуществляется органами прокуратуры, организациями оперативно-разыскной деятельности и спецподразделениями по борьбе с РОП МВД РФ.