Аресты высокопоставленных сотрудников СК начались после ареста З. Калашова и допроса его руководителя ЧОПа, который дал признательные показания на руководителей Следственного комитета. Раскрутка этого дела началась после инцидента у столичного ресторана Elements, когда в декабре 2015 года к ресторану подъехала группа людей, как позже выяснилось, от Шакро, и стали вымогать у владелицы ресторана Жанны Ким 9 млн рублей. Переговоры зашли в тупик, и вскоре произошла перестрелка, в результате которой два человека были убиты, а еще пятеро ранены. Уголовное дело об убийстве стали расследовать следователи СКР по Центральному округу Москвы. Одним из участников боя был некий Андрей Кочуйков (Итальянец), который считается «правой рукой» Шакро-молодого. Он был задержан по горячим следам и отправлен под арест в СИЗО «Матросская Тишина». Итальянец провел в СИЗО полгода – до 14 июня 2016 года. Когда подошел к концу срок ареста, следователи не вышли в суд с ходатайством о его продлении. Итальянец вполне законно оказался на свободе. Впрочем, далеко уйти он не успел. Сотрудники ФСБ, узнав о том, что Кочуйков на свободе, немедленно доставили его обратно в СИЗО «Матросская Тишина».

Сразу после неудавшегося освобождения Кочуйкова началась проверка следователей СКР, во время которой и выяснилось, что рекомендация не выходить в суд с продлением ареста якобы пришла от генерала Никандрова, замначальника ГСУ по Москве. За освобождение Итальянца было заплачено $1 млн. Эти деньги были выделены для подкупа должностных лиц в СК. Позже выяснилось, что Никандров и начальник службы Собственной безопасности СКР Михаил Максименко были в курсе дела подручного Шакро-молодого, именно они имели возможность надавить на следователей, чтобы те не выходили в прокуратуру и суд с продлением ареста.

По версии ФСБ, предполагается, что для налаживания контактов со следствием Шакро отрядил директора подконтрольного ему ЧОПа Дмитрия Звонцова, который еще по прежней службе в МВД был знаком с Михаилом Максименко. Тот, как считает следствие, использовал в качестве посредника своего подчиненного Александра Ламонова, который организовал несколько встреч между господами Звонцовым и Никандровым. В ходе них, предположительно, стороны и договорились о том, что за $5 млн генерал возьмет под свою опеку группировку Шакро-молодого, решая возникшие у ее участников проблемы.

После ареста Дмитрий Звонцов пошел на сотрудничество со следствием и признался, что деньги передавались в СК Максименко, после чего его не стали заключать под стражу, а поместили под усиленной охраной ФСБ как ценного свидетеля. Одновременно контрразведчики провели ряд опросов следователя СО по ЦАО и его руководителей. Вначале те оправдывались, что не вышли в суд с продлением Итальянцу срока ареста из-за забывчивости. Но потом представители СО по ЦАО признались, что выполняли поручение Дениса Никандрова. Позже из следственных органов были уволены руководитель следственного управления СКР по Центральному административному округу (ЦАО) Москвы Алексей Крамаренко, один из его заместителей, а также следователь. Основанием для этого стало уголовное дело о превышении должностных полномочий в отношении следователей, занимавшихся расследованием по эпизодам у ресторана Elements.

Через два дня после задержания Шакро и признания Звонцова группа оперативников отдела «М» ФСБ задержала в кабинете начальника службы Собственной безопасности Михаила Максименко и его зама Александра Ламонова. Главного подозреваемого, 37-летнего замначальника СКР по Москве генерала Дениса Никандрова, задержали на проходной у главного здания СКР в Техническом переулке. Вероятно, его кто-то предупредил, и он попытался пройти в главное здание СКР, чтобы попасть к руководителю за защитой. Громкий коррупционный скандал с арестами ряда высокопоставленных сотрудников СКР совпал с масштабной реформой в самом следственном ведомстве, которую стал проводить его председатель Александр Бастрыкин. После задержания замначальника ГСУ СКР по Москве Дениса Никандрова, начальников главного управления межведомственного взаимодействия и Управления собственной безопасности (УСБ) СКР соответственно Михаила Максименко и Александра Ламонова реформировать решили и эти подразделения. Дело в отношении их возбудил лично глава СКР, кроме того, уведомления о предстоящем сокращении штатов получили сотрудники всего главка и входящего в него УСБ. По их прогнозам, серьезная кадровая чистка приведет к увольнению из СКР многих лиц, назначенных по протекции Максименко. Само управление в нынешнем виде, скорее всего, перестанет существовать, оставшись в рамках ранее существовавшего отдела физзащиты для руководителей и следователей, которым угрожает опасность.

В ходе нее статус ряда главных управлений СКР был понижен до управлений, а некоторые из управлений стали отделами. При этом главное управление межведомственного взаимодействия и Управление собственной безопасности СКР, экс-руководители которых сейчас находятся в СИЗО «Лефортово», вообще могут быть ликвидированы.