По состоянию на 1 апреля 2005 года, в 1145 учреждениях уголовно-исполнительной системы (УИС) страны содержалось 782 тысячи человек. Снят с должности начальник управления Федеральной службы исполнения наказаний (УФСИН) Москвы генерал-майор В. Злодеев. Этот пост он занимал с марта 2003 года. Новым начальником УФСИН назначен Владимир Давыдов, работавший до этого заместителем В. Злодеева.
26 мая комиссар Совета Европы по правам человека А. Хиль-Роблес встречался с министром юстиции РФ Ю. Чайкой, и тот заверил, что следственные изоляторы, подведомственные ФСБ, будут переданы снова в подчинение Минюста. Таким образом, претензия Совета Европы к российской пенитенциарной системе будет скоро снята.
Самым известным изолятором ФСБ является московский СИЗО «Лефортово» (около 200 мест). Среди заключенных считается, что бытовые условия в следственных изоляторах ФСБ гораздо лучше, чем в обычных изоляторах, но режим в них гораздо строже. Кроме того, в СИЗО ФСБ ведется более активная агентурная работа. В других городах за ФСБ закреплены отдельные камеры в обычных СИЗО.