Как указывают другие авторы, не только Макарий, но и другие пелопонесские епископы были заменены в то время по приказанию султана. Вслед за началом русско-турецкой войны, греки на Пелопонессе, побуждаемые Россией, восстали против турок. Турки сразу же заподозрили пелопонесских епископов в подстрекательстве к восстанию. Эти подозрения в отношении Макария были необоснованны, поскольку он запрещал клирикам своей епархии участвовать в политике и сам всю жизнь был занят исключительно духовными делами. Лишая его епархии, Вселенский патриарх решил назначить ему годовое содержание в 100 грассий.