В 1996 г. предвестниками второй волны кризиса стали банкротство одного из 14 городских банков, а также крах четвертой по величине в государстве фондовой компании Yamaichi. Правительство было вынуждено национализировать два банка (которые сейчас называются Shinsei и Aozora), но снова не решилось на комплексную санацию банковской системы. В 2003 г. все еще не оправившийся от потрясения банковский сектор снова напугал японское правительство, которое было вынуждено перевести значительные средства в банк Resona.