В общей сложности в результате катастрофы погибло 97 человек, 224 — были госпитализированы.

По основной версии, разделяемой большинством специалистов, «Генерал Ватутин», перевозивший крупную партию взрывчатки (3313 тонн аммонита и тола), при заходе в порт задел бортом кромку льда. От удара взрывчатка сдетонировала, что привело к мгновенному взрыву и пожару. Корабль и экипаж с пассажирами затонули.

По стечению обстоятельств, рядом оказался пароход «Выборг», также груженный взрывчаткой. Он взлетел на воздух вслед за «Генералом Ватутиным». Спастись удалось лишь 22 членам судовой команды.

Взрывная волна достигла такого накала, что дошла до Магадана, вышибив стекла в домах. В бухте Нагаева начался пожар, полностью уничтоживший морской торговой порт. Загорелись торфяники. Разбушевавшуюся стихию удалось обуздать только спустя 6 часов. Общий убыток от катастрофы составил 116 млн руб., не считая стоимости пароходов. Комиссия под руководством Серова работала в Магадане с 23 декабря 1947 но 13 января 1948 т. Ее заключение докладывалось лично Сталину. (Богданов Ю. Министр сталинских строек. М.; Вече, 2007. С. 309–310.).