С. Королев был осужден Военной Коллегией Верховного Суда СССР 27 июня 1938 г. на 10 лет ИТЛ по обвинению во вредительстве. Освобожден в 1944 г. Реабилитирован 18 апреля 1957 г. То же самое касается и многих других его соратников, например, академика Андрея Туполева, под чьим руководством Королев работал в тюремной «шарашке»: ЦКБ НКВД № 29. Туполева арестовали в октябре 1937 г., в мае 1940 г. за вредительство и контрреволюционную деятельность осудили на 15 лет лагерей, в июле 1941 г. освободили. Окончательно реабилитирован он был лишь 9 апреля 1955 г.