Хотя война закончилась, подразделения СМЕРШ на территории Германии по-прежнему оставались в оперативном подчинении Серова, что вызывало неудовольствие Абакумова. В письме от 22 июня 1945 г. начальник ГУКР СМЕРШ жаловался Берии на Серова, который-де полностью подмял под себя военную контрразведку. Абакумов сообщил, что запретил подчиненным давать какие-либо материалы уполномоченному НКВД без согласия Москвы, являться по его вызовам и просил у Берии «призвать к порядку Серова». В эти разборки, однако, нарком вмешиваться тогда не стал. Посему в скором времени конфликт разгорится с новой мощью.
