В качестве зам. наркома внутренних дел СССР Б. Кобулов являлся одним из организаторов подготовки к массовому расстрелу почти 4,5 тыс. польских военнопленных в апреле-мае 1940 г. в Катынском лесу. Именно он, в частности, 14 марта 1940 г. проводил инструктаж начальников Калининского, Смоленского и Харьковского УНКВД и даже приказал «не оставлять в живых ни одного незапятнанного свидетеля». Кроме того, Кобулов входил в состав «тройки», выносившей им смертные приговоры. Возглавлял «тройку» В. Меркулов, он же осуществлял общее руководство операцией. (Яжборовская И. С., Яблоков А. Ю. и др. Катынский синдром в советско-польских и российско-польских отношениях. М.: Российская политическая энциклопедия, 2001. С. 357.).