После освобождения Карачаевской автономной области (нынешняя Карачаево-Черкессия) в январе-феврале 1943 г. от немцев здесь активно начали действовать антисоветские бандформирования. В Учкуланском районе коллаборационистским Карачаевским национальным комитетом было поднято восстание. Для борьбы с ним был откомандирован Серов, который руководил проведением чекистско-войсковых операций. За первое полугодие 1943 г. в боестолкновениях было убито 218, ранено 50 и арестовано 1631 бандпособников из числа местных жителей. Однако к самой депортации карачаевцев, проведенной 2 ноября 1943 г., касательства он уже не имел. (Выселению подверглось почти 69 тыс. человек.).
