Богдан Кобулов был назначен зам. наркома госбезопасности СССР 25 февраля 1941 г.

После включения Литвы, Латвии и Эстонии в состав Советского Союза армии этих государств были приказом наркома обороны СССР С. К. Тимошенко преобразованы в стрелковые корпуса в составе Красной Армии и подчинены командующему войсками Прибалтийского военного округа (текст приказа см.: Полпреды сообщают… М.: Международные отношения, 1990. С. 505–508). Однако комиссары, пытавшиеся привести прибалтийских военных к присяге советскому правительству, встречали с их стороны не просто нежелание, а порой и серьёзный отпор (см. Письмо уполномоченного ВКП(б) и СНК по Литовской ССР Н. Позднякова наркому иностранных дел В. Молотову от 27 октября 1940 г. // Документы внешней политики. 1940 — 22 июня 1941. Т. XXIII. Кн. 2. М.: Международные отношения, 1998. С. 59). Исходя из этого, было принято решение разоружить и депортировать всех литовских, латвийских и эстонских офицеров.