Начальником секретно-политического отдела и одновременно заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР Серов стал 29 июля 1939 г. В задачи СПО входила борьба с враждебной деятельностью участников антисоветских партий и групп, бывших белогвардейцев, с антисоветской деятельностью церковников, сектантов, а также националистов, оперативное обслуживание милиции, культуры, высшей школы.