В 1927–1937 гг. Чернышев возглавлял управление погранвойск ОГПУ — НКВД Приморья.

8 апреля 1938 г., еще работая на Лубянке, Н. Ежов по совместительству назначается наркомом водного транспорта СССР. 25 ноября 1938 г. он окончательно переехал из НКВД в НКВТ, уступив кресло своему 1-му заму Л. Берии (с 22 августа 1938 г.). В НКВД Ежов вернется 10 апреля 1939 г., но уже в качестве арестованного.