В ходе заседаний Большого Московского собора состоялось и избрание нового патриарха. Интересно, что в этот раз в числе кандидатов не было названо ни одного епископа, но только архимандриты и игумены. Не потому ли, что русские архиереи, подписав осуждение Никону, горячо выступили в пользу независимости церковной власти от власти царской?

Алексей Михайлович остановил свой выбор на архимандрите Троице-Сергиевой лавры Иоасафе. Это был «муж достойный, незлобивый, премудрый и святой», как сказано о нем в грамоте патриархов Антиохийского Макария и Александрийского Паисия. Узнав об избрании, глубокий старец Иоасаф начал совершенно искренне отказываться, ссылаясь на очень преклонные года, на неученость и неспособность к столь великому служению. Царь лично уговаривал и уговорил его. 10 февраля 1667 года он стал патриархом Иоасафом II.

При нем состоялись заседания Собора 1667 года против старообрядцев, подписаны все его постановления. Так что новому патриарху приходилось проводить их в жизнь, что он потом и Делал с достаточной твердостью. Святейший жил сам в традициях православной русской церковности и в таком же духе правил Церковными делами. В 1672 году Иоасаф II скончался. В этом же году отмечено первое массовое самосожжение старообрядцев. Сгорели 2 тысячи человек.