Он был избран на патриаршество весьма необычно и знаменательно - по жребию. 20 марта 1642 года по согласованию с Собором архиереев царь Михаил Феодорович определил шесть кандидатов (двух архиереев, одного архимандрита и трех игуменов). Все шестеро, разумеется, были из числа самых лучших представителей русского духовенства, известного лично государю. Жребий свидетельствовал, что царь и весь «освященный Собор» одинаково доверяют всем шестерым, но в то же время окончательный выбор патриарха предоставляют исключительно воле Божией. Из запечатанных свитков с именами кандидатов после троекратных молений пред Владимирской иконой Богоматери в Успенском соборе Кремля был отобран один свиток и принесен царю. Михаил Феодорович распечатал его на глазах у Собора и царского синклита и прочел имя архимандрита Симонова монастыря в Москве старца Иосифа. 27 марта уже состоялось по полному чину поставление его в патриарха. Последовали традиционные царские и царицыны приемы, обеды, путешествия «на осляти» (лошади) для благословения Москвы новым главою Церкви. В этих церемониях обращают внимание на то, что царь при первом благословении его патриархом не целовал его в руку и клобук, и на первом обеде святейший сидел на целую сажень или больше от царя. В этом не следует видеть подчеркнутого превозношения царской власти, ибо следующий государь Алексей Михайлович, как мы увидим, вел себя совсем иначе. Здесь, скорей всего, сказалось сугубо личное, человеческое отношение Михаила Феодоровича к покойному отцу - патриарху Филарету, приравнять к которому он не мог никого. И все это понимали. Патриарх Иосиф также титулуется господином, а не государем. Но что касается принципиальной стороны отношений царской и церковной власти, то они остаются неизменными: доброе согласие и взаимодействие во всех важнейших делах, как государственных, так и церковных.

Особенно ярко это сказалось в очень важном государственном и в то же время духовном деле предполагаемого бракосочетания царевны Ирины Михайловны с датским королевичем Вольдемаром. Царь сам пожелал выдать свою дочь за принца Датского. Но когда тот приехал в Москву для сватовства, то между ним, его пастором Матфеем Фильгобером и представителями русской стороны произошло серьезное столкновение на вероисповедной почве. Михаил Феодорович, а вместе с ним и патриарх стали предлагать Вольдемару принять православие и креститься снова, как положено, в три погружения. Для лютеран-датчан это было совершенно неприемлемо, они доказывали законность своего обливательного крещения, говоря, между прочим, что «сила крещения не в воде настоит, но в действии Святого Духа, Который в крещении на нас обильно изливается» (почему и погружения, и обливания, и даже окропления равно есть истинное крещение). Русские сумели убедительно показать, что искони это таинство предполагает именно погружение, что и обозначается греческим словом ραπτισμάς. Спорили также и об иерархии, о почитании икон и святых, написали при этом с обеих сторон особые сочинения по предметам спора. К спору подключились константинопольский патриарх, киевский митрополит Петр Могила. Но было видно, что споры ни к чему не приведут. Переживания, связанные с этим, ухудшили и без того слабое уже здоровье Михаила Феодоровича, и 16 июля 1645 года, после последнего «прения» о вере, царь скончался.

На престол вступил его сын Алексей Михайлович, который сразу же отпустил Вольдемара в Данию, как тот и просил неоднократно, видя безвыходность дела о сватовстве.

В итоге этих внешне безрезультатных переговоров не только выявилась еще раз известная приверженность русских к православию как единственной истинной Церкви и вере, выявилось и нечто новое - то, что православная Москва заняла по отношению к западному инославию не оборонительную, как раньше, а наступательную позицию. Ведь для удовлетворения и религиозного чувства, и государственных интересов достаточно было бы, как это часто в древности и делалось при заключении династических браков с западными монархами, оговорить в договоре условие, чтобы царевну Ирину не принуждали к отречению от православия, давая ей возможность исповедать свою веру в замужестве. Но на сей раз Москва требует большего - чтобы сам датский королевич стал православным!..

Такое ощущение своей не только правоты, но и духовной силы, потенциально способной обратить к православию и западных христиан, могло появиться только как результат большого духовного подъема в русском обществе. Этот подъем происходил в условиях усиления борьбы с многими нравственными недостатками во внутренней жизни, различными недостатками чисто церковной жизни, в том числе богослужебной практики, усиления свидетельства православия и Западу, и греческому Востоку, дальнейшего бурного развития книгопечатания, консолидации в Москве наиболее активных сил Церкви, усиления работы богословской мысли, попыток наладить школьное богословское образование.

Окружное послание патриарха Иосифа перед Великим постом 1646 года о благочестном соблюдении поста всеми (и прежде всего духовенством), указ царя 1647 года о запрещении работ в воскресные и праздничные дни и об ограничении в эти дни торговли, открытие мощей до этого прославленных святых преп. Александра Свирского (1643 год), благоверного князя Георгия Всеволодовича (1645 год), Кирилла Новоезерского (1648 год), Анны Кашинской (1649 год), Саввы Сторожевского (19 января 1652 года), перенесение мощей патриарха Ермогена, патриарха Иова и митрополита Филиппа Московского в Успенский собор Кремля (1652 год) - все это должно было служить подъему веры в народе. Народному и богословскому образованию способствовало книгоиздательство. При патриархе Иосифе издано было 36 наименований книг (из них большинство по нескольку раз), то есть больше, чем при Иоасафе I. При этом были изданы такие книги, каких раньше у нас в типографиях вообще не печатали, и некоторые совсем новые сочинения. Таковы «Грамматика» М. Смотрицкого, жития ряда русских святых (часто со службами им), святоотеческие творения и аскетические сочинения древних подвижников благочестия, апологетические и полемические сочинения («Кириллова книга» и «Книга о вере» - обе составлены киевскими учеными и переведены на славянский), наконец, Катехизис Петра Могилы. В книгоиздательстве теперь трудится уже довольно обширный круг справщиков во главе с известным нам ключарем Успенского собора Иваном Наседкой (с 1650 года - иеромонах Иосиф), который возглавлял и богословские прения с королевичем Вольдемаром и пастором М. Фильгобером.

В это же время при дворе Алексея Михайловича по его желанию и усилиями его духовника протоиерея Стефана Вонифатьевича складывается знаменитый «кружок ревнителей благочестия», в который входят, кроме царя и о. Стефана, боярин Феодор Ртищев, его сестра Анна, протоиереи Иоанн Неронов, Аввакум, Логгин, Никита Добрынин (Пустосвят), Лазарь, диакон Феодор и другие. Это были очень активные люди, единодушно стоявшие за духовное просвещение, за утверждение подлинного благочестия в церкви. Они несомненно влияли и на дело книгопечатания и вообще принимали самое живое участие в решении важнейших церковных дел, как близкие к царю, так что даже патриарху Иосифу приходилось терпеть от их активности, не всегда тактичной и разумной. С 1646 года в этот кружок вошел и архимандрит Никон, будущий патриарх Всея Руси.

Была осознана и необходимость правильного образования в плане изучения греческого языка, богословия и других наук. По согласию царя и патриарха боярин Феодор Ртищев построил недалеко от Москвы Преображенский монастырь, населив его 30 грамотными киевскими монахами. К ним примкнули вызванные по просьбе государя из Киева ученые монахи Епифаний Славинецкий, Арсений Сатановский, Дамаскин Птицкий. Все они должны были заниматься переводами, «справами» нужных книг и одновременно обучать желающих. Первым учеником стал сам боярин Ртищев, штудировавший по ночам греческий язык, наладивший также обучение грамматике, риторике, философии и латыни. Желающие ученики могли поехать продолжать образование в Киев, некоторых побуждал к этому Ртищев. Он же завел на Москве церковный хор киевских певчих, имевших большой успех.

После долгих споров с ревнителями, под давлением царя, но не иначе как после совета с Восточными церквами патриарх Иосиф подписал указ о запрещении многогласия в церковных службах и введении строгого единогласия, а также «наречного» пения (вместо искаженного «хомового»). По этому поводу немало волновалась значительная часть духовенства, но вынуждены были смириться.

В Москву в еще большем количестве стали приезжать представители православного Востока. В 1649 году нашу столицу посетил иерусалимский патриарх Паисий. Он много беседовал с архимандритом Никоном, указывая на несогласия в русских обрядах и книгах с греческими, в частности на неправильность двуперстного крестного знамения.

Москва начала становиться воистину центром мирового православия. Здесь возникает обсуждение таких вопросов, возбуждаются такие проблемы, которые имеют значение для всей православной полноты. Греческие иерархи называют Алексея Михайловича «новым Константином», призывают его стать освободителем и царем всего православного Востока. Царь увлекся этой идеей. Однако для ее осуществления нужно было привести русские церковные обычаи в соответствие с обрядами Восточной церкви.

С целью изучения православия и сбора древних рукописей на Восток посылается инок московского Богоявленского монастыря, принадлежавшего Троице-Сергиевой лавре Арсений (Суханов).

В 1650 году он затевает в Терговище с патриархом Паисием и иными греческими духовными лицами споры («прения») о вере, доказывая превосходство русского православия над греческим и излагая такие взгляды, какие являются очень типичными для определенных кругов русского церковного общества, о чем мы скажем позже.

Этот необычайный подъем духовной и церковной жизни в России в середине XVII века был связан с длительным периодом относительно мирного развития, давшего возможность с наибольшей силой проявиться самому основному, что искони оказалось как бы заложенным в верующем русском народе, а именно - устремленности его к иному миру, ко Христу, к «Иерусалиму Новому» (Откр. 21, 2). Но этот подъем в то же время давал возможность вполне обнаружиться и другому - расхождению в понимании путей, ведущих в Новый Иерусалим. В это именно время, при патриархе Иосифе, были уже посеяны семена того, что потом выросло в церковный раскол. Но Иосиф до него не дожил. Он почил в бозе в великий четверг 15 апреля 1652 года, в те дни, когда к Москве двигался с мощами священномученика Филиппа, митрополита Московского, новгородский митрополит Никон, и столица готовилась встречать его.