Задолго до кончины своей Преосвященный Игнатий стал готовиться к ней и в разговорах своих часто касался распоряжений на случай смерти. За пять лет (в 1862 году) он сделал духовное завещание, засвидетельствованное 20 июля 1863 года в Костромской палате гражданского суда, коим все свои сочинения передавал в собственность и распоряжение брата своего Петра Александровича Брянчанинова. В августе 1864 года он говорил своему брату: «Матушка наша была также больна предсмертно, как и я; все на ногах, и аппетит был порядочный; а пришло время — в три дня болезнь покончила все дело. Прошу, когда я буду умирать, не вздумайте посылать за доктором, дайте мне умереть христианином, — не подымайте суматохи. О кончине моей родных не уведомлять и к похоронам их не ожидать, а, предав земле, тогда уведомите… Я тебе говорю вперед, чтоб ты знал и чтоб об этом в час болезни предсмертной не забыть и не заботиться. О том, как и где похоронить меня, ничего не говорю и не завещаю потому, что не желаю связывать действий ближних, за пределами моей жизни, и притом в том, что никогда почти не исполняется».

Наступил 1866 год, — печатались 3-й и 4-й тома творений Преосвященного Игнатия, его «Аскетическая проповедь» и «Приношение современному монашеству», или «Советы»; между тем физические силы его самого видимо упадали, так что приезжавшие из Петербурга для посещения его духовные дети поражались той переменой, какая представилась им при виде духовного отца, изнуренного болезнью и преждевременной дряхлостью. Несмотря, однако же, на такое падение физических сил, душевная бодрость не оставляла его. «Не бойтесь, — писал он одному из своих духовных чад, занимавшемуся корректурой издаваемых его сочинений, — я не умру до тех пор, пока не кончу дела своего служения человечеству и не передам ему слов истины, хотя, действительно, так ослабел и изнемог в телесных силах, как это вам кажется».

14 августа 1866 года посетили Николо-Бабаевскую обитель Их Императорские Высочества Государь Наследник Александр Александрович и Великий Князь Владимир Александрович. Владыка, поднося Цесаревичу святую икону Благоверного Князя Александра Невского, встретил его следующей речью: «Всемогущий Бог, в трудные времена России осенивший небесным благословением и небесною помощию Благоверного Великого Князя Александра Невского, да осенит этим благословением и этою помощию и Ваше Императорское Высочество в предстоящем Вам великом служении Богу и человечеству». Потом, вручая Владимиру Александровичу икону Святого равноапостольного Князя Владимира, сказал: «Ваше Императорское Высочество! В древности два Великих Князя — Равноапостольный и Мономах — носили имя Владимира. Благочестием, мудростию, мужеством ознаменовалась жизнь их. И ныне Великий Князь, носящий имя, вожделенное для России, да возрадует Россию этими качествами, столько благодетельными для народов, когда народы озаряются ими из святилища — из Царственного Дома». Келейная беседа Владыки с Высокими посетителями касалась монастырей. «Монастыри — лечебницы, — говорил Преосвященный, — это приют для людей, которые, сознав бессилие свое сохранить себя, душу свою, живя в мире, идут в это убежище и приносят в него свои понимания, свои привычки, свои пороки, свои страсти, развитые тем образованием, которое они получили в мире, — поэтому нравственное состояние монастырей находится в совершенной зависимости от нравственного настроения народа. Народ развращается, развращаются и монастыри. В них много вкралось предосудительного, много дурного; но, при всем том, они сохраняют характер свой — убежища желающим сохраниться от конечной погибели; они — больницы для душ безнадежно больных, они приют верности Церкви Православной и престолу. Извольте, Ваше Высочество, обратить внимание на то обстоятельство, что нет другого сословия, кроме монашеского, в котором не было бы ковов на измену престолу. Монашество и монастыри потому особенно гонимы партиями злонамеренными, что они преданы вере и престолу и поддерживают эти чувства в тех, которые сближаются с ними и подчиняются их духовному направлению. Одною ногою я уже стою в могиле и для себя ничего не ищу, мне нечего искать, а докладываю Вашему Высочеству сущую истину ради истины; умоляю, Ваше Высочество, поддерживайте монастыри по тому благу, которое приносит их существование». Их Высочество обошлись весьма благосклонно с Владыкой, утешили его своим вниманием к словам его. Посещение их оставило самое приятное впечатление в Преосвященном, он называл его своим окружающим «зрением восходящих светил».