В 1815 г. Н. И. Шахов уволен с военной службы по прошению (из-за болезни) в чине капитан-лейтенанта. См.: Общий морской список. Ч. 6. С. 242. С марта 1817 г. ему «во уважение добропорядочной службы и расстроенного здоровья от полученной в сражении контузии» назначена пенсия по 175 руб. в год. С 1820 г. он поступает на государственную службу в штат Гофф-интендантской конторы и, сменив несколько должностей, определяется в Главное управление ревизии государственных счетов. См.: РГИА, ф. 576, оп. 5, д. 3235, 7 л. 1834, июня 28 (Формулярный список о службе флота капитан-лейтенанта Шахова Н. И.)