Послание имеет две части: первая, большая и главнейшая, наставительная для святого Тимофея (см.: 1, 7 — 4, 8); вторая, меньшая, в роде послесловия и приписки, лично святого Павла касающаяся,— обстоятельственная (см.: 4, 9 — 22). Можно, однако ж, полагать, что для Апостола, оставленного почти всеми, главная нужда была позвать к себе святого Тимофея,—для чего потребовалось объяснить и свое положение. Но как он не знал определенно, останется ли в живых до прибытия святого Тимофея, то и пишет ему наставления о пастырствовании в дополнение к данным в Первом Послании. Наставления сии он мог бы передать святому Тимофею и лично по прибытии его. Но как не мог наверное полагать, что дождется его в живых будучи, то рассудил поместить их в Послании. Таким образом, для святого Тимофея и для нас главнейшею частию стоит первая — наставительная. Ею мы и ограничим разделение Послания, назвав последнюю, обстоятельственную, — послесловием.

Здесь, в сей главной части, можно видеть два отделения: А) в первом говорится о самой пастырской деятельности. Это собственно наставительное отделение (см.: 1, 7 — 3, 9).—А: Б) во втором святой Тимофей воодушевляется к достодолжному прохождению ее по всем частям (см.: 3, 10 — 4, 8). Это воодушевителъное отделение. Оба отделения, в частях своих, соответствуют одна другой.