В городе, в котором жил Атрахасис все поклонялись Энлилю и боялись разгневать его. Один Атрахасис ему не поклонялся, у него был другой бог Энки — хозяин подземного Мирового океана пресных вод, один из устроителей миропорядка. Ему и поклонялся Атрахасис.

Несмотря на все старания, Энлилю никак не удавалось уничтожить людей. Люди вылечивались от болезней, справлялись с голодом. Им помогал во всем Энки, который подсказывал Атрахасису как себя вести, как надо поступать в том или ином случае. Наконец Энлилю надоело, что Энки помогает людям. Он стал упрекать его, обвинил в клятвопреступлении. Но тот оправдывался, говоря, что во всем виноваты рыбы, они пустили воду и тем самым устранили засуху. И тогда разгневанный Энлиль дал обещание истребить всех людей. Для этого он решил устроить Всемирный потоп. Все боги согласились помогать ему. Только Энки отказался. Он не захотел участвовать в этом злодеянии.

Но спасти все человечество от страшной беды одному Энки было не под силу. И он решил спасти хотя бы одного человека, премудрого Атрахасиса. Он приказал ему разрушить свой дом и строить корабль. Атрахасис испугался. Он никогда не строил кораблей и не знал, как это делается. И опять Энки помог ему, начертил на земле чертеж, все объяснил.

Атрахасис построил корабль, который назывался «Судно, которое сохраняет жизнь», а потом устроил прощальный пир для соседей. И тут неожиданно подул страшный ветер, небо потемнело. Надо было спасаться от грозы, от дождя, воды которого могли перейти в бесконечный поток. Атрахасис, как велел ему Энки, взял с собой на корабль семью, работников, зверей, птиц. И едва успел он замазать щели корабля смолой, как с неба полились потоки воды, началась страшнейшая буря. Все боги участвовали в ее создании. Бог дождя и грома Адад катался по небу на своей колеснице и гремел, разрушая все и вся вокруг себя. Бог войны Нинурта выпустил их плотин воды, а львиноголовый орел Анзуд своими когтями стал разрывать небо.

Миру грозила неминуемая гибель. Даже сами боги испугались того, что натворили. Они смотрели с ужасом на гибнущий мир и не знали, что делать дальше. Стихия разыгралась не на шутку. Семь дней и семь ночей бушевала буря. Все было покрыто водой. Но когда на седьмой день вода схлынула, то земля была пуста, ни одного живого существа на ней не осталось. Энлиль мог быть доволен, он исполнил свою угрозу в полной мере, надоевшее ему человечество перестало существовать.

Но он не знал, что Энки перехитрил его. Премудрый человек Атрахасис спасся. Он выжил вместе с семьей, работниками, зверями и птицами. А это означало, что человечество снова могло размножаться и заселять всю землю, а Атрахасису была дарована вечная жизнь.