Весной 1360 г. митрополиту Алексию с помощью тайных друзей удалось бежать из литовского плена и вернуться в Москву. К сожалению, это возвращение означало окончательный провал его борьбы за сохранение единой русской митрополии. Золотая Орда, в лице которой митрополит Алексий имел главного защитника, погрязла в междоусобице. Резко усилилась Литва, при поддержке которой митрополит Роман захватил киевскую кафедру, активно и довольно успешно переманивал к себе Великий Новгород, претендовал на свою родную Тверь и на значительную часть епархий Великороссии.
В самой Москве мутила воду боярская крамола. Пока митрополит Алексий томился в литовском плену, умер великий князь Иван Иванович Красный – третий сын Ивана Калиты и брат Симеона Гордого. Ему наследовал 9 летний Дмитрий Иванович (Донской). Для алчных бояр великий князь – ребенок был не указ.
В этих условиях у митрополита Алексия оставался единственный путь сохранить за собою митрополичью кафедру – отложить в сторону дела церковные общерусские и вмешаться в светскую политическую борьбу. В этом Алексия поддержал клан киево-чернигово-брянских московских бояр, к которому принадлежал отец митрополита. С их помощью, а также пользуясь своим авторитетом, старец решительно взял власть в княжестве в свои руки, возглавив боярское правительство.
Пребывая управителем дел Московского княжества в течение почти 18 лет, митрополит Алексий проявил себя мастером политической интриги. Ему удалось добиться в Орде выдачи ярлыка на великое княжение владимирское 12 летнему Дмитрию Ивановичу. Татары же силой выбили из Владимира засевшего там великого князя суздальского Дмитрия Константиновича и отдали город москвичам.
Споры с удельными князьями митрополит решал просто и скоро – при малейшем неповиновении он приказывал затворять церкви и не служить службы на землях строптивцев.
В 1368 г. митрополит затеял одну из самых скандальных в истории средневековой Руси интриг. Он вызвал к себе в палаты для церковного суда главного врага Москвы тверского великого князя Михаила Александровича. Когда тот явился, положившись на митрополичье слово и крестное целование старца, Алексий повелел бросить Михаила и его бояр в темницу. Уверенные в том, что узникам на волю уже не вырваться, московские бояре бросились делить между собою тверские земли. Но тут неожиданно явился ордынский посол и повелел немедля освободить тверичан! Алексию пришлось повиноваться.
Но тут в свару вмешался опаснейший враг – литовский князь Ольгерд. Осенью 1368 г. литовцы устроили ужасный погром московским землям. Молодой великий князь и митрополит отсиделись за каменными стенами Кремля.
Алексий только и смог, что отлучить от церкви всех, кто участвовал в этом кровавом братоубийственном походе. Правда, здесь он тоже получил неожиданный отпор. Обиженные напрямую обратились к константинопольскому патриарху Филофею с требованием низложить митрополита всея Руси за незаконные отлучения. Константинополь встал было на сторону Алексия, но в конечном итоге для успокоения Литвы вынужден был утвердить окончательное расчленение Русской церкви на три митрополии.
Как бы там ни было, но, по признанию большинства отечественных историков, в начале 1370 х гг., под руководством митрополита Алексия Москва «утвердилась в роли руководящей политической силы Великороссии» (Н.С. Борисов).
В этих условиях Михаил Тверской вознамерился вовлечь в борьбу против московского князя самого сильного на то время деятеля Орды – темника Мамая. Более всего опасаясь союза Ольгерда, Мамая и Михаила Тверского, Алексий послал великого князя Дмитрия с богатыми дарами на поклон к темнику. Откупившись огромными богатствами, Дмитрий вернулся победителем…
Однако эта поездка расколола московское боярство на две сильнейшие группировки. «Старые бояре» во главе с митрополитом Алексием «стояли за сохранение верноподданических отношений с ханским двором». «Молодые бояре» во главе с великим князем склонялись к тому, что пора завоевывать независимость, причем как светскую – от Орды, так и церковную – от Константинополя.
Вначале противостояние это выразилось в опале Вельяминовых. Этот боярский род был весьма близок Алексию, в их фамильном Богоявленском монастыре святитель начинал свой иноческий путь. В 1374 г. Дмитрий неожиданно лишил Вельяминовых их фамильной привилегии занимать пост московского тысяцкого. Когда же один из Вельяминовых, негодуя, бежал в Тверь, а затем в Орду, его изловили, доставили в Москву, и, невзирая на заступничество митрополита, Дмитрий велел отрубить Вельяминову голову! Так в 1374 г. состоялась первая в истории Москвы публичная казнь.
Однако настоящая борьба между митрополитом и великим князем разгорелась по вопросу возможного наследника митрополичьей кафедры. При этом Алексий явно стремился к созданию в Московии теократической монархии в духе папского государства в Италии, а Дмитрий Иванович – к утверждению светской монархии во главе с династией Калиты.
Тогда-то и вышел на передний план придворный священник московского великого князя Дмитрий, получивший в истории просторечное имя – Митяй. Дмитрий Иванович призвал его из Коломны. Задумав сделать Митяя преемником престарелого Алексия, в феврале 1376 г. великий князь велел ему постричься в монахи и тут же сделал архимандритом Спасского монастыря. Черное духовенство возмутилось такой поспешности, но в ответ Дмитрий Иванович потребовал от Алексия официально утвердить Митяя преемником митрополичьей кафедры.
Избавиться от такой напасти можно было единственным путем – противопоставить Митяю более авторитетного в народе служителя церкви. И таковой человек на Руси был. Звали его Сергий Радонежский. Алексий призвал игумена в Москву и неожиданно возложил на него золотые митрополичьи ризы. Но Сергий твердо отказался принять их. Ни мольбы, ни угрозы не подействовали на старца. Пришлось митрополиту отказаться от своего замысла.
Зимой 1378 г. Алексий тяжело заболел. Великий князь долго уговаривал его благословить Митяя на митрополию, но старец так и умер непреклонным 12 февраля 1378 г. В 1448 г. Алексия прославили в лике святых.
В дни, когда готовились к погребению Алексия, по Москве распространился слух, будто накануне кончины митрополит все же благословил Митяя на кафедру, почему последний и обосновался в митрополичьих палатах. Великий князь поспешил созвать собор русских епископов для утверждения кандидатуры его любимца на митрополию. На соборе старцы отказались поддержать Митяя и высказались за митрополита Киприана, ставленника Византии и Литвы. Тогда же Киприан со свитой въехал на земли Московского княжества, но по приказу великого князя их спешно арестовали и вывезли прочь в Литву.
Монахи выдвинули в митрополиты суздальского епископа Дионисия, основателя Печерского монастыря – он был готов поехать к патриарху и обличить сговор великого князя и его фаворита. Дмитрий Иванович поспешил арестовать потенциального предателя. Дионисий пытался каяться, обещал не противодействовать замыслам великого князя, но Дмитрий отказывался его отпускать. Только личное вмешательство Сергия Радонежского принесло мятежному игумену свободу.
Едва освободившись, Дионисий изменил своим клятвам и сбежал в Константинополь – восстанавливать патриарха против Митяя.
Митяй же со свитой также поспешил в Константинополь.
По дороге московское посольство встретило в степи темника Мамая, и тот дал фавориту Дмитрия Ивановича ярлык на митрополию.
В Кафе (Феодосии) Митяй взошел на корабль. Он стоял на палубе, когда на горизонте показались храмы и дворцы Царь-города. Внезапно Митяй охнул и упал замертво. Похоронили несостоявшегося митрополита на окраине Константинополя. К счастью, история о «мятеже на митрополии» сохранилась в летописях. «Повесть о Митяе» – шедевр древнерусской литературы.
Примирение Дмитрия Ивановича и Сергия Радонежского произошло незадолго до Куликовской битвы, скорее всего, в 1380 г., а уже после битвы, 23 мая 1381 г., в Москву торжественно въехал новый митрополит всея Руси, недавний арестант болгарин Киприан.