Впервые на страницах русских летописей Кострома упоминается под 1212 годом. Весь город находился тогда в устье реки Сулы, на перекрёстке современных улиц Островского и Пятницкой.

Когда был перенесён кремль на высокий холм — нынешняя территория парка культуры, в точности неизвестно. Церковное сказание относит это ко временам правления князя Василия Костромского (1272–1277) Однако более вероятно — это произошло после Куликовской битвы в связи с участившимися нашествиями иноплеменных.

Остатки крепостного вала «Старого города» просматриваются и сейчас при спуске к Волге по ул. Чайковского. Юго-восточный угол кремля — на плане башня Вознесенская наугольная — находился на месте нынешней беседки Островского. «Новый город» был пристроен к северо-западной стене много позднее — после польско-литовского нашествия начала XVII века. Территория его охватывала нынешние Красные и Мучные ряды; юго-западная стена тянулась от выхода из парка культуры до начала ул. Островского, где на правой стороне можно и сейчас найти остатки стены Анастасьина девичьего монастыря.

План Старого и Нового города реконструирован при работе над публикацией «Постатейная роспись Костромского Кремля 1678 года». Рукопись её сгорела в пожаре Костромского архива 1982 года. К счастью, у выдающегося краеведа прошлого века Александра Александровича Григорова осталась её копия, которую историк Н. А. Зонтиков опубликовал в 5-м выпуске альманаха «Костромская земля». В тексте «росписи» указана длина прясел (стен) в саженях между всеми башнями Старого и Нового города. И все они совпали с расстояниями по древнему плану города, наложенного на современную сетку кварталов (несовпадение выявлено только для одной из башен северо-восточной стены Нового города).

Несоответствие плана в части количества и названий башен кремля тексту писцовой книги объясняется временной разницей. За 50 лет между написанием писцовой книги и постатейной росписи вполне могли не только измениться названия, но и ряд башен мог исчезнуть. О том, что к 1678 году стены кремля стали утрачивать своё оборонительное значение, свидетельствует, например, такая цитата из постатейной росписи: «Пищали „Волконейки“ и тюфяки и затяжные стволы и ядра лежат около Соборной церкви. А иной городовой наряд — места, где тому наряду быть — не построено. А тот городовой наряд, медные и железные пищали к стрельбе годятся и изнутри все ли они в целости ль — того не ведомо. От многих лет и от пожарного времени, как Кострома в прошлом 162 году сгорел и от того времени тот городовой наряд не чищен и в тех пищалях пыли из земли насорило. А железные пищали все заржавели и чистить тот наряд некому. Пушкарей только два человека, а государева жалованья им не идёт. А костромские посадские и уездные люди без указу великого государя того городового наряду не чистят».

Богоявленский мужской монастырь, крупнейший в Костроме, был основан в день Богоявления Господня в 1426 году на реке Суде, неподалёку от центральной части города — Костромского кремля. Его «строителем» и первым игуменом летопись называет преподобного Никиту — «сродника и ученика» преподобного Сергия Радонежского.

Долгое время монастырь оставался деревянным. Его первым каменным зданием стал пятиглавый Богоявленский собор, построенный в 1559–1565 годах при царе Иоанне IV, Грозном, по благословению святителя Макария — митрополита Московского. Собор возведён был артелью каменщиков, прибывших в Кострому, как предполагают, из Ростова Великого. За образец строители взяли Успенский собор Московского Кремля.

Богоявленский собор — древнейшее каменное здание Костромы из сохранившихся до наших дней. В начале XVII века к нему была пристроена каменная колокольня. «Звон» её составляли 12 колоколов. На ней были установлены «боевые русские часы с перечасьем и получасьем», их костромичи помнили ещё в прошлом веке, когда часов тех уже не было.

Под собором находилась усыпальница. Вечное упокоение нашли в ней племянники великого князя Василия II Тёмного, — Иван, Андрей и Василий, погребены здесь именитые благотворители монастыря из фамилий бояр Салтыковых, Кафтыревых, князей Хованских… Тут же захоронены игумены и некоторые иноки монастыря. Все гробницы тщательно сохранились. Увы, в послереволюционные годы, после закрытия монастыря, они были уничтожены…

На протяжении своей многовековой истории знал монастырь сей и годы расцвета, и годы полного запустения. Грамоты, данные в разное время его настоятелям, показывают, что пользовался он покровительством и поддержкой и великих князей и государей наших. Любила посещать его первая супруга царя Иоанна Грозного — Анастасия. Здесь уместно вспомнить: о том, что она будет царицей, предрёк ей преподобный Геннадий Костромской и Любимоградский. И сам её царственный супруг не оставлял Богоявленский монастырь своей милостью. Впрочем, помнит наша древняя обитель и страшные дни гнева его, когда за почести, оказанные царскому племяннику, направлявшемуся через Кострому из Первопрестольной в Нижний Новгород, жестоко пострадали многие и сам игумен её. Скорый на гнев и расправу, государь постарался затем искупить своей грех пред обителью, одарив её многими дарами и милостями, но те страшные дни остались в истории обители и в истории града нашего запечатлёнными навсегда…

Страшные дни… Богоявленский монастырь помнит их немало. Все тяжкие испытания, все грозные удары времени монастырь встречал и превозмогал достойно. В годы Смутного времени, например, иноки его явили пример, достойный благодарной памяти потомков, пример верности вере своей православной и Отечеству.

В конце декабря 1608 года, когда Кострома оказалась в руках польских интервентов, иноки Богоявленского монастыря решили скорее пожертвовать своей жизнью, но не покориться захватчикам. Лишь после осады и штурма монастырь был захвачен и разграблен. Одиннадцать его иноков приняли мученическую смерть.

О том, насколько известным и значительным был Богоявленский монастырь в России того времени, говорит хотя бы тот факт, что при избрании на царство Михаила Фёдоровича Романова в феврале 1613 года на Московском Земском соборе присутствовал и подписался под избирательной грамотой в числе других выборных и настоятель этого монастыря игумен Арсений.

XVII век для Богоявленского монастыря стал временем каменного строительства. Деньги на строительство прислали многие, но главными жертвователями были: бояре Салтыковы, мать царя Михаила — инокиня Марфа, его отец — патриарх Филарет и другие патриархи московские и всея Руси…

В 1610 году была воздвигнута каменная церковь во имя Св. Иоанна Богослова, которую освятил сам патриарх Гермоген — будущий священномученик.

В начале того же столетия к Богоявленскому собору были пристроены каменные галереи, затем воздвигнуты Трёхсвятительская и Сретенская церкви, звонница с приделом в честь преподобного Сергия Радонежского — в нижнем её ярусе — и церковь в честь святителей Михаила, Петра и Ионы — над святыми вратами обители.

Особенно украсился монастырь при игумене Герасиме. С 1542 по 1672 год, без какого-либо перерыва, возводил он, одно из другим, каменные здания. В первые шесть лет этого тридцатилетнего срока монастырь был обнесён каменной стеной семиметровой высоты. Монастырь приобрёл вид крепости. Шесть башен возвышались над стеной: четыре — угловые и две — надвратные.

В 1672 году Богоявленский собор был расписан «на иждивение» боярина Петра Михайловича Салтыкова. К этому же времени относится и написание на стене юго-западной башни иконы Богоматери Смоленской, чудесно сохранившейся во время пожара 1773 года, после чего и началось её особое почитание. Здесь сначала была построена деревянная часовня, а в 1824 году алтайским миссионером, архимандритом этой святой обители Макарием Глухарёвым, на средства костромского гражданина Ф. М. Обрядчикова возведена небольшая церковь, названная в народе «Смоленской часовней».

В XVIII веке и в первой половине XIX века Богоявленский монастырь переживал пору своего упадка. Новое строительство в нём почти не велось. Лишь в 1752–1760 годах на средства генеральши Екатерины Михайловны Салтыковой в монастыре была выстроена церковь во имя Святителя Христова Николая — над гробом супруга её Михаила Петровича Салтыкова. Сокращалось число братии, здания пустовали. С 1779 года сюда были помещены все присутственные места города, которые находились здесь до 1809 года. В 1814 году в монастырь была переведена Духовная семинария.

Пожар, истребивший в сентябре 1847 года почти половину Костромы, не пощадил и Богоявленский монастырь, превратив его в развалины. О восстановлении монастыря в те годы не могло быть и речи: город, посещённый столь страшной бедой, не имел возможности оказать опустошённому и разрушенному пожаром монастырю хоть какую-то помощь. Монастырь был закрыт. Городские власти в течение 16 лет продавали кирпич разбираемых его развалин для строительства частных зданий, щебень же отдавали бесплатно — для мощения улиц. Были разобраны таким образом Сретенская и Трёхсвятительская церкви, паперти Богоявленского собора, звонница, почти все жилые и хозяйственные постройки, часть стен. К 1864 году монастырь перестал существовать. Богоявленский собор не был разобран, поскольку император Николай Павлович повелел сохранить его как памятник древности. Скорее всего, остался бы он со временем и памятником самому исчезнувшему монастырю, если бы не Божия воля, явленная через игумению Марию, в 1863 году вступившую в управление женским Анастасииным Крестовоздвиженским монастырём. В том году подала она прошение о передаче ей бывшего Богоявленского монастыря под условием его восстановления.

Начинается новая страница истории древней костромской обители. Монастырь становится девичьим. Изменилось и его название: к прежнему добавилось слово Анастасиин. Воистину символическое добавление. «Анастасия» — с древнегреческого означает «воскресение». Именно воскрешённым, а не просто обновившимся становится монастырь, и воскресение это связано с новым его расцветом.

Начав трудный подвиг возрождения монастыря, игуменья Мария фактически отстроила его заново. Прежде всего она позаботилась о расширении Богоявленского собора. К нему были сделаны три новые пристройки — с западной, южной и северной сторон, сам же древний собор был превращён в алтарь. Просторный, обновлённый, с большим вкусом украшенный, собор был торжественно освящён 28 декабря 1869 года. Позднее его новые стены были расписаны и внутри и снаружи. Обновлена была усыпальница под алтарём, устроена каменная галерея, соединившая собор со святыми вратами под колокольней. В 1867 году в усыпальнице была устроена небольшая церковь во имя св. великомученика Никиты и Преподобного Сергия Радонежского. Возрождён был и Никольский храм.

После пожара 1847 года чудотворная икона Смоленской Божией Матери вновь дивным образом сохранилась без повреждения, хотя сама Смоленская церковь и выгорела дотла. После этого почитание сей святыни ещё более усилилось. Вскоре же после пожара Смоленскую церковь начали восстанавливать. Возобновлена она была на средства Платона Васильевича Голубкова, уроженца Костромы. Богослужения в ней постоянно совершались и в годы полного упадка монастыря.

Трудами и заботами игуменьи Марии была восстановлена почти полностью местами разрушенная монастырская стена. Западная башня над святыми вратами была перестроена в звонницу.

Над юго-западными въездными вратами во время пожара уцелела часть стены с древним изображением лика Св. Николая, чудесно уцелели фонарь и верёвка, на которой фонарь висел перед образом. Когда хотели приступить к разборке этих врат, каменщик, поднявшийся наверх, неожиданно упал и сильно ушибся. После, на исповеди, он поведал священнику, что был сброшен какой-то неведомой силой. Разборка врат была приостановлена, образ св. Николая с тех пор стал почитаться особо. В 1871 году к уцелевшему остатку стены с изображением лика св. Николая была пристроена деревянная часовня. Она осталась невредимой при следующем страшном пожаре, посетившем Кострому в 1887 году, а в 1892 году была заменена каменной, более просторной.

Во время пожара 1887 года вновь остался невредимым в полностью выгоревшем храме чудотворный образ Смоленской Божией Матери. Храм этот также был значительно перестроен в 1892 году.

В восстанавливаемом игуменьей Марией монастыре были возведены три жилых корпуса для сестёр и настоятельский корпус, а также — двухэтажный, с подвалом — Трапезный корпус, в котором, помимо трапезной палаты, разместились хозяйственные помещения, живописная и швейная мастерские. Несколько позже к западной стене Смоленской церкви были пристроены два корпуса — казначейский и больничный. В подвале больничного корпуса устроили резервуар, в который поступала самотёком речная вода Суды для потребностей монастыря.

Все вновь построенные здания были отмечены печатью высокого архитектурного вкуса. Одновременно производился ремонт старых зданий и велось строительство новых в Анастасиином Крестовоздвиженском монастыре, находившемся на территории Костромского кремля. Монастырь этот игуменья Мария предназначила для учебно-благотворительных целей, переместив большую часть инокинь в Богоявленско-Анастасиин монастырь. Прежде всего она устроила здесь училище для девочек, из которых в нём готовили сельских учительниц.

В 1873 году в Анастасиином Крестовоздвиженском монастыре была устроена первая лечебница для народа, а в его училище стали готовить ещё и сестёр милосердия. Позднее были организованы такие же лечебницы для сельского населения в трёх вотчинах обители, где крестьяне до того не имели никакой врачебной помощи. Сёстры милосердия — воспитанницы монастыря — участвовали в борьбе с эпидемиями, лечили больных и раненых во время войн. Деятельность народных лечебниц и курсов сестёр милосердия принесла монастырю заслуженную известность и получила высокую оценку государства. Был издан указ об открытии подобных лечебниц и курсов при других девичьих и женских обителях страны.

После революции Богоявленско-Анастасиин монастырь был закрыт. Казалось, что — навсегда… Началось великое его разорение. Богоявленский собор, Смоленская церковь и звонница были отданы под хранилища архива. Костромской государственный архив располагался в соборе до пожара, случившегося, как уже говорилось, 16 августа 1982 года. В огне того пожара погибли дивные фрески собора, исполненные знаменитыми костромскими изографами Гурием Никитиным и Силой Савиным, расписавшими Успенский собор Московского Кремля, Ильинскую церковь в Ярославле, Троицкий собор в Ипатьевском монастыре и другие храмы древних и славных городов русских.

Тот последний пожар, казалось, подвёл последнюю черту под трагической и великой судьбой монастыря. Надежды на его новое, тем более недалёкое и скорое, воскрешение не было никакой. И всё-таки невозможное, невозможное по разумению человеческому, свершилось…

Немало усилий пришлось приложить архиепископу Костромскому и Галичскому Александру, чтобы монастырь вновь был возвращён епархии. Именно его великими заботами, его попечением возрождается ныне этот дивный монастырь.

Случилось удивительное. Некогда, ровно столетие назад, посланницами Костромского Богоявленско-Анастасиина монастыря был основан на эстонской земле Нюхтицкий монастырь. Ныне посланницам Нюхтицкого монастыря суждено возрождать костромскую обитель…

В марте 1991 года из Нюхтицкой Успенской обители в Кострому для восстановления Богоявленско-Анастасиина женского монастыря по благословению святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II была направлена монахиня Иннокентия, которая 29 августа, в день празднования феодоровской иконы Божией Матери, архиепископом Костромским и Галичским Александром возведена в сан игуменьи.

Несколько ранее — 17 августа — был освящён Богоявленский собор, ставший кафедральным собором города. На следующий день сюда, с десятитысячным крестным ходом, была перенесена из Воскресенского храма главная святыня Костромы — Феодоровская чудотворная икона Божией Матери — древний явленный образ, которым инокиня Марфа благословила на царство своего юного сына царя Михаила.

Некоторое время спустя в собор были помещены и другие святыни — крест-мощевик с частицами мощей 400 святых и рака преподобного Макария Писемского.

Возрождается заботами архиепископа Александра и прежняя традиция совершать крестный ход с Чудотворной феодоровской иконой через весь город — 29 августа 1995 года на крестном ходе собралось более 10 тысяч людей из разных областей и весей.