Байкальский подвид (относится к отряду лососеобразных, семейству сиговых) от арктического собрата отличается узким лбом и большими глазами. В летний период вместе с пелядью держится на глубинах 20–30 м. В водохранилище достигает длины 44 см и массы 1,5 кг. Обычные же его размеры — 36–38 см, масса 0,6–0,8 кг.

Некоторые учёные считают, что омуль пришёл в Байкал из приустьевых участков рек, впадающих в Ледовитый океан, в частности по Енисею и Ангаре. Другие полагают, что предковыми формами всех сиговых рыб являются пелагические сиговые континентальных водоёмов Сибири. Предполагают, что омуль попал в Байкал сравнительно недавно, вероятно, в ледниковый или послеледниковый период. Он хорошо освоил новую для себя экологическую нишу, смог откладывать икру, нагуливать, развиваться и стал байкальским. В Байкале он претерпел значительные изменения, приобрёл биологические особенности подвида и может считаться эндемичной (исключительно местной) рыбой.

В Байкале живут четыре популяции омуля: селенгинская, чивыркуйская, северобайкальская и посольская. Некоторые учёные выделяют ещё баргузинскую. Но в настоящее время она практически прекратила своё существование, так как Баргузин настолько загрязнён затонувшей древесиной и продуктами выщелачивания, что восстановление его, вероятно, будет длиться очень долго, если вообще произойдёт. В пору же своего нормального существования и воспроизводства баргузинская популяция давала до 10–15 тысяч центнеров рыбы. Посольская популяция омуля искусственно воспроизводится из икры, инкубируемой в специальных аппаратах. Поэтому естественных популяций в Байкале в настоящее время только три, и все они находятся в угнетённом состоянии.

Омуль плавает глубоко до 300–350 м, а иногда и глубже. На таких глубинах довольно много времени проводит омуль посольской и чивыркуйской популяций, омуль других популяций встречается на меньших глубинах.

Самый крупный из встреченных экземпляров селенгинской популяции имел вес до 5 кг и длину около 50 см. Рыбаки говорят, что в старину ловили рыб и покрупнее. Однако добыть более крупный экземпляр даже для музея не удалось.

Рыбы селенгинской, баргузинской и чивыркуйской популяций начинают созревать на 5–6, северобайкальской — на 4–5, посольской — на 7–8-м году жизни. В этом же возрасте большинство рыб впервые идёт на нерест. Нерестится омуль до 14–15 лет. На нерестилищах попадаются особи и старше, но уже без икры — утрачивая способность к размножению, они сохраняют инстинкт нерестовых миграций. Долгоживущие особи нерестятся, вероятно, до 5–6 раз за свою жизнь и откладывают до 200 тыс. икринок.

Исследования двух последних десятилетий показывают, что плодовитость омуля в среднем уменьшилась в 1,5–2 раза. Максимальная численность отложенной икры не превышает 20 тыс. штук, а впервые нерестующие самки откладывают до 7–8 тыс. икринок. От года к году оно неодинаково. Самое большое количество икры откладывает селенгинская популяция — от 7 до 30 млрд. икринок. Появляются же на свет, в чистой воде через 200–220 дней. Из 100 личинок омуля, полученных Посольским рыборазводным заводом при искусственной инкубации, до половой зрелости выживает лишь одна рыба. В естественных условиях из 10 тыс. икринок, отложенных на незагрязнённых нерестилищах и развивающихся в оптимальных условиях, развивается и выживает 5–7 рыб.

В разном возрасте у омуля разная пища. Молодь питается эпишурой, взрослые особи — макрогектопусом и молодью пелагических бычков и голомянок. Зимой омуль питается менее интенсивно, но теми же организмами, которые он поедает и в другие сезоны года, меняется лишь их соотношение в пищевом рационе.

Причина уменьшения количества омуля в Байкале — в усилившейся хозяйственной деятельности как на самом озере, так и на его притоках и водосборном бассейне в целом, нерациональном рыбном промысле, а также ухудшении гидрометеорологической обстановки в бассейне Байкала.

Можно ли возродить былую славу байкальского омуля? Можно, если выполнить все предложения, высказанные учёными, в частности, прекратить загрязнение нерестовых рек и озера; расчистить и не допускать загрязнения нерестилищ; прекратить формирование плотов древесины в реках и их сплав по Байкалу, заменив на сухогрузную (в баржах или лесовозах) транспортировку; построить новые рыборазводные заводы на нерестовых реках, расширить и модернизировать существующие (Большереченский, Чивыркуйский, Баргузинский и Селенгинский); организовать подращивание мальков омуля до жизнестойких стадий; поддерживать оптимальный гидрологический режим в озере и в притоках, прекратив излишнюю рубку лесов в водосборном бассейне; держать уровень воды в озере на оптимальной отметке, не допуская превышения пределов естественных среднемноголетних колебаний; строго соблюдать правила рыболовства; вести рациональное использование сельскохозяйственных угодий, не допуская эрозии почв.