В храме хранятся также такие святыни, как задняя часть главы святого мученика Ермолая, частицы мощей святого Иосифа Обручника и др.

Замечательна усыпальница Пантелеимоновой обители. Умерших и монахов, и пришедших на Святой Афон богомольцев погребают на кладбище, а через 3 года их тела вынимают из земли. За это время тело и одежда усопшего уже истлевают, и сохраняется только скелет. Его обмывают и сушат, а потом черепа складывают отдельно на полки и надписывают, кому принадлежат череп. Остальные кости помещают в ящик.

Вся история монастыря, все поколения его деятелей, давно отошедших в вечность, смотрят на вас из безмолвных черепов.