1 августа 1785 года Лаперуз вышел из Бреста с двумя фрегатами — «Буссолью» и «Астролябией». В состав экспедиции входило 242 человека, в том числе 17 учёных различных специальностей. Среди них были академики-астрономы Монж и Лепот Дажеле, географ Бернизе, ботаник и врач де ла Мартиньер, физик Ламенон, натуралист и естествоиспытатель Дюфрен. Связь экспедиции с Парижем поддерживалась благодаря специально разработанной программе доставки вестей.

В феврале 1787 года в Версаль прибыла первая корреспонденция, отправленная из Монтеррея (в испанской Калифорнии) и содержавшая несколько писем. Лаперуз сообщал:

«За четырнадцать месяцев мы обогнули мыс Горн, проплыли вдоль всего американского берега до горы Сент-Эли; исследовали этот берег с большой тщательностью и 15 сентября прибыли в Монтеррей. Мы устраивали стоянки на разных островах Южного моря и прошли по параллели Сандвичевых островов пятьсот лье с востока на запад. Я простоял сутки на острове Мауи и прошёл новым проходом, который англичане не смогли обследовать».

Когда «Астролябия» и «Буссоль» вышли из Магелланова пролива, сообщалось далее, их встретило целое стадо китов, этих властелинов моря, «хором выпускавших фонтаны». Затем была стоянка в заливе Консепсьон, в Чили. 8 апреля подошли к острову Пасхи. Знаменитые гигантские статуи не возбудили у французов большого любопытства: «Это не идолы, а скорее, могильные памятники». Отсюда «Буссоль» и «Астролябия» двинулись на север, к берегам Аляски. В первых числах августа Лаперуз рассчитывал быть на Камчатке, от неё идти к Алеутским островам, а потом плыть, «не теряя ни минуты», в Южное полушарие.

В октябре 1787 года фрегат «Проворный» доставил во Францию новую почту. Удалившись от берегов Филиппин, весной 1787 года Лаперуз начал обследовать берега Восточной Азии, постепенно продвигаясь на север. Французы нанесли на карту берега Восточно-Китайского и Японского морей, поднявшись на север почти до 40° с. ш. Утром 7 июля с борта «Буссоли» заметили полосу гористой суши, протянувшуюся в меридиональном направлении. Вскоре на море пал густой туман, и французы, считая, что перед ними побережье Йессо (остров Хоккайдо), двигались на север практически наугад. Через пять дней оба фрегата бросили якорь в удобной бухте. Из объяснений местных жителей и чертежа, набросанного ими, Лаперуз понял, что находится на острове, который называется Сахалин, отделённом от материка и острова Йессо проливами.

Корабли продолжили плавание к северу по Татарскому проливу (название дано Лаперузом). Глубина моря постепенно уменьшалась — суда достигли входа в узкий пролив, ведущий в Охотское море, позже названный именем адмирала Г. И. Невельского. Лаперуз ошибочно решил, что перед ним — низменный перешеек, связывающий Азиатский материк с «полуостровом» Сахалин.

Пройдя вдоль берега Сахалина на юг, Лаперуз проследил более 700 километров побережья острова вплоть до южной оконечности, названной им мысом Крильон. После кратковременной стоянки у мыса Крильон Лаперуз вышел из Японского моря в открытый океан проливом, впоследствии получившим его имя, затем прошёл вдоль дуги Курильских островов и 7 сентября 1787 года прибыл в гавань Петропавловска-Камчатского. Здесь «Буссоль» была встречена приветственными выстрелами из пушек.

Новые вести от Лаперуза пришли в Париж только через год. Почту на этот раз доставил Бартоломей Лессепс — единственный участник экспедиции, вернувшийся на родину. Он добирался с Камчатки через Сибирь на собачьих упряжках, на телеге и даже на верблюде. Из почты явствовало, что от берегов Камчатки оба фрегата ушли в Южное полушарие. Теперь вестей от них не ожидалось до самого прибытия к берегам острова Маврикий, намеченного на декабрь 1788 года. Поэтому Людовик XVI был удивлён, получив почту из Новой Голландии (Австралии), куда Лаперуз прибыл 26 января 1788 года. Сообщив о своих новых открытиях в Полинезии, начальник экспедиции писал, что собирается посетить острова Меланезии, в том числе Санта-Крус, обогнуть Новую Голландию и идти к острову Иль-де-Франс (Маврикий).

— Что ж, подождём следующей почты, — сказал король, прочитав доклад Лаперуза.

Но вестей от Лаперуза больше не было…

В июле 1789 года во Франции началась революция. Эти бурные события затмили собой всё остальное, и о Лаперузе вспомнили только спустя два года. В феврале 1791 года Национальное собрание признало «необходимость спасения Лаперуза и его моряков». Спустя семь месяцев из Бреста отплыли два корвета под начальством контр-адмирала Жозефа д’Антркасто.

В течение двух лет экспедиция д’Антркасто искала следы Лаперуза. Но никаких следов Лаперуза и его спутников не было…

…Майской ночью 1793 года вахтенный матрос заметил остров по левому борту. При свете звёзд видна была пена разбивавшихся о подводные скалы волн. Д’Антркасто, уже заболевший лихорадкой, которая вскоре свела его в могилу, посмотрел на карту: этого островка на ней не значилось. Не задумываясь, адмирал пошёл дальше. Однако ему захотелось дать этому островку название. Поставив точку под 11°40′ южной широты и 164°37′ восточной долготы, он написал: остров Поиск — по названию своего корвета. Если бы не болезнь, адмирал, может быть, приказал бы осмотреть этот атолл. Тогда бы он, вероятно, назвал бы его островом Находка, и не пришлось бы ждать до 1827 года, чтобы раскрыть тайну исчезновения Лаперуза…

21 июля 1793 года тело умершего адмирала д’Антркасто со всеми почестями опустили в море неподалёку от берегов Новой Бретани. Ровно за шесть месяцев до того в Париже скатилась на эшафот голова короля Франции Людовика XVI. Садясь в повозку, которая должна была доставить его на казнь, король спросил своего палача:

— Нет ли вестей от Лаперуза?

Но вестей не было…

…34 года спустя английский фрегат с тем же названием «Поиск» подошёл к атоллу Ваникоро (из группы островов Санта-Крус), который после смерти д’Антркасто никто не называл островом Поиск.

Командир судна Питер Диллон много лет исследовал Коралловое море. В этих краях для него больше не было тайн — кроме одной, в которую он и хотел проникнуть. Дело в том, что незадолго до этого на острове Тикопия, где он пробыл несколько месяцев, туземцы продали ему серебряную гарду от эфеса шпаги. На ней был выгравирован герб. Хотя это была просто королевская лилия, которая украшала шпаги всех французских офицеров, Питер Диллон почему-то решил, что это герб Лаперуза. Имя великого мореплавателя к тому времени знали все моряки мира.

Туземцы рассказали Диллону, что в последние годы рыбаки с далёкого атолла Ваникоро часто привозили к ним на Тикопию серебряные ложки, топоры, чайные чашки. Продавая эти сокровища, они рассказывали историю двух кораблей белых людей, которые когда-то, очень давно, сели на мель у их берегов. Одни утверждали, что моряки с кораблей утонули, другие — что они были убиты.

Диллон хотел немедленно отправиться к Ваникоро, но его ждали в Пондишери, и он не решился отклониться от курса. По прибытии в Индию Диллон рассказал обо всём, что слышал, показал гарду шпаги и обратился к Ост-Индской компании с просьбой послать его на место предполагаемого кораблекрушения. Эта просьба была удовлетворена, и в 1827 году из Пондишери вышло судно «Поиск».

7 июля «Поиск» подошёл к острову Ваникоро. Туземцы пошли на переговоры неохотно, но в конце концов они обо всём рассказали.

…Много-много лун назад к ним прибыли направляемые Духами два судна, и одно из них разбилось на рифах. «Наши предки хотели видеть этих Духов вблизи, но те направляли в них огненные шарики, несущие смерть». Потом боги дали благословение стрелам, и предки смогли перебить всех Духов с этого корабля. Другое судно выбросилось на песчаный пляж. Его вели не воинственные Духи. Они раздавали подарки. Их вождь, у которого, как и у других, впереди над лицом выступал из двух пальм длинный нос, разговаривал с луной посредством палки. Другие Духи, стоявшие на одной ноге, день и ночь охраняли лагерь, где за деревянными загородками их друзья строили из обломков большой лодки лодку поменьше. Все «одноножки» беспрестанно потрясали железными палками. Через пять лун после прибытия Духи уплыли на своей маленькой лодке…

Питеру Диллону удалось понять многое из того, что рассказали туземцы: «длинные носы» — это треуголки, «палка, служившая для разговоров с луной», — подзорная труба, «одноножки» — часовые, неподвижно стоявшие на часах, а «железные палки» — их ружья.

На дне моря, совсем недалеко от берега, англичане обнаружили бронзовые пушки и корабельный колокол, на котором можно было разобрать надпись: «Меня отлил Базен. Брест, 1785». Туземцы продали Диллону дощечку с вырезанной на ней королевской лилией, подсвечник с гербом (это был, как потом стало ясно, герб Колильона, одного из учёных-натуралистов, бывших в экспедиции Лаперуза), и другие мелкие предметы.

Насколько можно было понять рассказы туземцев, корабли Лаперуза в сильный шторм разбились о рифы. Погибло много членов экипажей (их тела затем выбрасывало волнами на берег), но часть команды благополучно добралась до берега. Некоторые моряки, чтобы их не смыло в океан, привязывали себя к мачтам затонувших кораблей, которые ещё возвышались над водой, и утром товарищи помогали им спастись. Белые люди построили деревянную крепость и начали строить большую лодку. При этом они жаловались, что у них нет железа и железных топоров. Часть людей села в лодку и уплыла на ней, а те, кто не поместился, остались их ждать, но за ними никто не вернулся. Через несколько лет моряки, потерпевшие крушение, увидели в море два больших корабля (вероятно, это были корабли д’Антркасто) и, зажигая костры, пытались привлечь их внимание, но на кораблях не заметили этих сигналов.

Французы много лет прожили на уединённом острове. Они умирали от болезней, воевали и мирились с туземцами. Когда у них кончились боеприпасы, туземцы взяли их в плен, ограбили и оставили жить в своих деревнях. Последний из спутников Лаперуза умер всего за несколько лет до того, как Диллон посетил Ваникоро.

Позже французский мореплаватель Дюмон-Дюрвиль нашёл остатки форта, где жили уцелевшие в кораблекрушении спутники Лаперуза. За его деревянными стенами стояли семь покосившихся хижин, в одной из которых была найдена доска с надписью «Буссоль». А среди скал, окружавших остров, Дюмон-Дюрвиль и его спутники увидели тот самый злополучный проход, где нашли свою гибель корабли Лаперуза. Издали казалось, что в этот пролом в коралловом рифе легко может пройти большой корабль, но на дне прохода лежали огромные подводные камни. Они и стали причиной трагедии…

«Наши люди, — писал Дюмон-Дюрвиль, — увидели на дне моря, на глубине трёх или четырёх саженей, якоря, пушки, пушечные ядра и особенно большое количество свинцового балласта. Я отправил баркас, приказав поднять со дна хотя бы один якорь и одну пушку, чтобы привезти их во Францию как неопровержимое доказательство крушения наших несчастных соотечественников».

Вблизи того места, где разбились корабли Лаперуза, был возведён памятник — простая прямоугольная призма высотой десять футов, увенчанная пирамидой.

Но куда ушли люди, построившие на острове Ваникоро лодку? Какова их судьба? И какова судьба самого Лаперуза? Погиб ли он в кораблекрушении, ушёл ли на лодке в море, умер ли на острове или был убит туземцами?

Никому до сих пор не удалось ответить на эти вопросы.