Пассивное сопротивление режиму продолжалось недолго. Первые вооруженные конфликты (когда одна из сторон была вынуждена применять оружие) произошли уже во время призывной компании. Одновременно в лесах начали появляться банды. Их членами были не только местные националисты, но и дезертиры, коллаборационисты, уголовники – все, кто с ужасом ожидал неотвратимого и справедливого наказания за свои деяния. Почти все они действовали автономно и о существовании «Национального комитета Эстонии» узнавали на допросах от следователей МГБ. А вот западные спецслужбы активно пытались установить связь с этими бандформированиями и использовать их в собственных интересах. Подробно об этом эпизоде «холодной войны» рассказано в книге Александра Колпакиди «Ликвидаторы КГБ».

Москва среагировала на это традиционно – начались «зачистки» освобожденной территории. Справедливости ради отметим, что подобная работа в тылу наступающей Красной армии проводилась повсеместно, начиная с января 1942 года в Московской области и заканчивая Берлином в мае 1945 года.

В результате оперативно-чекистких операций:

«На территории Эстонии, в октябре – декабре того же года (1944. – Прим. авт.), отдел по борьбе с бандитизмом НКВД СССР провел несколько чекистско-войсковых операций, в результате которых были задержаны: 356 повстанцев и 333 бандпособника. А также изъяты: 712 винтовок, 28 автоматов, 45 пулеметов, 32 револьвера и 43 500 патронов».

Согласно данным советских органов госбезопасности, с 1945 года по 1 октября 1948 года республиканские органы МГБ ликвидировали 579 «бандитско-террористических и повстанческих групп и формирований», нейтрализовав 3415 человек. Одновременно легализовалось (была объявлена амнистия) 7401 «бандитов и нелегалов». На свободе оставались еще 17 бандрупп (73 участника). А всего с 1945 года по 1955 год было ликвидировано 633 банды, погибло в боях (в т. ч. и покончили жизнь самоубийством) 1545 «лесных братьев», арестовано 5831 бандитов и 1878 бандпособников, легализовалось 6122 человека.

Распределение по отдельным годам выглядят так:

 

 

Есть подробные данные по отдельным годам, наглядно демонстрирующая все процессы.

А вот что происходило в стане бандитов по состоянию на 3 сентября 1946 года, согласно справке, подготовленной сотрудниками МГБ республики:

 

 

Через год криминогенная ситуация в республике улучшилась:

 

 

В конце статистического отчета дадим справку о количестве совершенных «лесными братьями» на территории Эстонии преступлений с 1945 года по 10 сентября 1948 года:

 

 

А если брать весь период (с 1946 года по 1956 год) борьбы с «лесными братьями» в Эстонии, то жертвами стали 891 человек, в том числе 447 активистов советских и партийных органов, крестьян, получивших землю в результате проведенной советской властью земельной реформы, а также членов их семей, 295 бойцов отрядов народной самозащиты, 52 сотрудника правоохранительных органов и 47 военнослужащих.