Аналогичные события происходили и в других литовских городах. В них активно участвовали не только члены националистических подпольных организаций, но и те, кого Москва считала лояльными советской власти. Например, сразу же после начала Великой Отечественной войны в 29-м стрелковом корпусе Красной армии, созданном на основе вооруженных сил независимой Литвы, началось массовое дезертирство, а также борьба с отступающими частями Красной армии. Не истребленное до конца чекистами местное вооруженное подполье даже взяло под свой контроль покинутые отступающими советскими войсками Вильнюс и Каунас. Уже 24 июня 1941 года в Каунасе начала работу литовская комендатура (в октябре – ноябре ее переименовали в «Штаб охранных батальонов») во главе с бывшим полковником литовской армии И. Бобялисом и началось формирование вспомогательных полицейских «Батальонов охраны национального труда» (сокращенно «ТДА», от литовского «Tautas darbo apsaugas batalionas»). На 1 марта 1944 года в рядах литовской полиции порядка и полицейских батальонах служило восемь тысяч литовцев. Во время немецкой оккупации он «прославился» участием в карательных акциях по уничтожению мирного населения.

Истребление земляков литовцы начали с первых дней Великой Отечественной войны, как только Красная армия покинула города. Уже в июне 1941 года в Форте VII города Каунаса, который был превращен в концлагерь для евреев (вместимость 1500 человек), в качестве охраны служили члены «литовских охранных отрядов». При этом местные националисты, не дожидаясь прихода вермахта, проявили инициативу.

«После отступления Красной армии население Ковно (Каунас. – Прим. авт.) спонтанно уничтожило 2500 евреев. Еще одна большая часть была расстреляна службой вспомогательной полиции („партизанами“)».

В общей сложности во время этих акций в Каунасе было уничтожено 7800 евреев.