Вся тяжесть наведения порядка на освобождаемых территориях легла на спешно создаваемые территориальные аппараты НКВД. Например, в Латвию будущее руководство республиканского комиссариата госбезопасности вошло вместе со штабом Прибалтийского фронта. Красная армия продолжала наступления, а спешно созданные правоохранительные органы начали борьбу с политическим бандитизмом. Какими «силовыми» и оперативными ресурсами они располагали? Истребительными батальонами – укомплектованными местными жителями (признанными негодными к строевой службе), лояльно относящимися к советской власти. Их называли «отрядами самообороны», так как они базировались по месту жительства солдат. Сотрудниками НКВД, присланными из других республик СССР. Этих людей было немного, да и те, по признанию заместителя начальника республиканского НКВД по кадрам Николая Захарова, были не самыми лучшими. Например, всех выпускников курсов усовершенствования Высшей школы НКВД СССР отправили на Украину и Молдавию, где большинство из них возглавили районные и городские органы милиции. Была еще 5-я дивизия внутренних войск НКВД СССР под командованием генерала Леонтьева, которая действовала на территории Латвии. К ней претензий у руководства республиканского НКВД не было.