Описанные выше проверки выполнения требований шифродисциплины в Красной армии также распространялись и на другие структуры. Лубянка контролировала всех, в т. ч. и саму себя.

Проблема обеспечения сохранности шифродокументов возникла в первые дни Великой Отечественной войны. Поэтому в Директиве НКГБ СССР № 136 «О задачах органов государственной безопасности в условиях военного времени» было указано, что «архивные материалы и другие секретные документы, не являющимися необходимыми для оперативной работы, тщательно упаковать и отправить в тыловые органы НКГБ под надежной охранной». При этом подчеркивалось, что «особо охранять шифры, совершенно исключив возможность попадания их в руки противника».

Республиканские управления НКГБ детализировали указания Москвы. Например, в Директиве НКГБ Армянской ССР № 01/381 начальникам городских, межрайонных и районных отделений НКГБ о приведении в мобилизационную готовность оперативно-чекистского аппарата от 24 июня 1941 года указывалось: «по договоренности с РО НКВД (районный отдел. – Прим. авт.) установить круглосуточное дежурство для охраны зданий ГО (городской отдел. – Прим. авт.), РО НКВД, райкомов и райсоветов, обратив особое внимание на хранение мобилизационных и совершенно секретных документов». Следует отметить, что там же хранились и шифродокументы.