До 1940 года подготовка криптографических кадров для дешифрования дипломатической шифрпереписки проводилась на краткосрочных курсах при 7-м отделе ГУГБ НКВД. Этот отдел в то время представлял Специальную службу госбезопасности. Начальником его был Алексей Иванович Копытцев.

В целях повышения уровня подготовки специалистов-криптографов в августе 1940 года при 7-м отделе ОГПУ была создана криптографическая школа особого назначения (ШОН). Она начала свою работу с 1 августа 1940 года, срок обучения составлял 1 год. С началом Великой Отечественной войны эта школа перебазировалась в Уфу.

У военных дело обстояло лучше. В предвоенные годы основы криптографии преподавались в Военно-инженерной академии имени В. В. Куйбышева и в Военной академии связи в Ленинграде. Для подготовки военных криптографов при Разведывательных курсах усовершенствования командного состава Разведуправления Генштаба Красной армии было создано 3-е учебное отделение.

А в 1941 году в состав ДРС (10-й отдел) Разведуправления ГШ РККА была зачислена большая группа молодых ученых, которые сыграли существенную роль в развитии криптографии и в подготовке криптографов. В их число входили и те, кто впоследствии работал в Специальной службе государственной безопасности, – В. Х. Бадальян, Ф. А. Бахшиян, И. В. Матвеев, Г. С. Погосов, В. С. Полин, Г. И. Пондопуло, М. И. Соколов, Г. И. Чуриков и другие. Приход в дешифровальную службу специалистов с основательной математической и технической подготовкой явился важным фактором активизации деятельности Службы, расширения фронта ее работ, внедрения в ее работу математических методов.

До декабря 1942 года обучение кадров Специальной службы органов безопасности проводилось на базе курсов, организуемых совместно с Высшей школой Генерального штаба. Для укомплектования пятых (дешифровальных) отделений разведотделов фронтов в ноябре 1941 года туда были направлены все выпускники спецотделения Разведывательных (дешифровальных) курсов усовершенствования Высшей школы Генштаба.

В декабре 1942 года на базе Школы особого назначения 5-го Управления НКВД и 3-го учебного отделения Высшей школы Генштаба была организована Специальная школа 5-го Управления НКВД в составе двух отделений с 10-месячным сроком обучения. Первое отделение этой школы готовило кадры криптографов для дешифрования военной переписки, а второе отделение – для дешифрования дипломатической переписки. Получаемые в школе специальные и языковые знания позволяли ее выпускникам быстро включаться в работу.

В годы Великой Отечественной войны криптографические подразделения дешифровальной службы пополнялись в основном за счет окончивших Специальную школу 5-го Управления НКВД, в которой были подготовлены многие ведущие специалисты. Специальная школа, а также ряд криптографических подразделений, находящихся в Уфе, подчинялись А. И. Копытцеву. Вместе с передачей 3-го отделения Высшей школы ГШ в состав Специальной школы из НКО были переведены в Специальную службу госбезопасности и опытные криптографы, в том числе М. С. Одноробов, Н. В. Пишенин, Г. И. Пондопуло, М. И. Соколов, А. Ф. Яценко и другие.

Одновременно в подразделениях Специальной службы принимались меры для повышения квалификации работавших там специалистов. Была создана система различных курсов по криптографии и изучению иностранных языков. Почти каждый сотрудник, имевший отношение к разработке шифров, изучал криптографию и, в той или иной мере, иностранный язык. В этот период в криптографическую практику все активнее внедрялись научные методы анализа, основанные на использовании закономерностей языка. Поэтому при наборе в Службу отдавалось предпочтение лицам с физико-математическим образованием. Партийные органы энергично помогали Спецслужбе в подборе кадров. По решениям ЦК и МГК ВКП(б) на криптографическую работу в НКВД и НКО отбирались математики и лингвисты из научных учреждений и различных учебных заведений.

За годы войны Курсами усовершенствования командного состава шифрслужбы и учебными командами фронтов и военных округов подготовлено более 5 тыс. специалистов-шифровальщиков.