В настоящее время деятельность С. В. Ковалева осуществляется в рамках двух организационных структур: Центра НЛП-технологий и Межрегионального отделения НЛП-консалтинга, коучинга, психологии и психотерапии. Направления деятельности этих организаций включают в себя:

• индивидуальную психотерапию;

• содействие в психосоматических исцелениях;

• организацию личностного роста;

• дизайн человеческого совершенства;

• проведение сертификационных учебных программ для специалистов;

• осуществление обучающих курсов для широких слоев населения;

• психологический, управленческий и политический консалтинг;

• развитие групп и организаций;

• осуществление корпоративных программ по бизнес-НЛП;

• индивидуальный, групповой и организационный коучинг;

• создание программного и аппаратного обеспечения психофизиологической оптимизации состояния человека;

• разработка методологических, теоретических и методических основ Восточной версии НЛП, а также нейросинергетического программирования.